پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا، در 20 خرداد 60، مهدی نصیری لاری برای نخستین بار در مجلس درباره عزل رئیس‌جمهور سخن گفت و پس از آن 120 نفر از نمایندگان مجلس طرح بررسی عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری را به مجلس ارائه کردند.
این طرح که با اکثریت 2/3 آرای نمایندگان به مجلس تقدیم شده بود نشان می‌داد که نظر اکثر نمایندگان بر عدم کفایت سیاسی رئیس جمهور است.
پس از تصویب طرح بررسی عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر از سوی مجلس، تعداد زیادی از مردم مقابل مجلس شورای اسلامی تجمع کرده و خواهان رسیدگی فوری به مسئله کفایت سیاسی بنی‌صدر شدند.
بررسی طرح عدم کفایت بنی‌صدر از سوی مجلس
روز شنبه 30 خرداد 60، طرح بررسی عدم کفایت بنی‌صدر در مجلس آغاز شد و در آن جلسه ابتدا عزت‌الله سحابی و سپس معین‌فر به عنوان مخالفان برکناری بنی‌صدر صحبت کردند. معین‌فر در ابتدا با بیان اینکه به علت سخنرانی در حمایت از بنی صدر دیگر تأمین جانی نخواهد داشت، سعی در تحت تأثیر دادن نمایندگان داشت. وی در ادامه عنوان کرد شرایط موجود را شرایط خوبی برای مطرح کردن این طرح نمی‌داند و سعی کرد نشان دهد که اگر اشکالاتی هم در عملکرد رئیس جمهور وجود داشته باشد تنها تخلف او را اثبات می‌کند. وی سعی کرد به صورت ضمنی این طرح را به سلایق حزبی اکثریت مجلس ارتباط دهد. این سخنان معین‌فر، روز بعد توسط حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مورد نقد و رد قرار گرفت.
پس از سخنان حامیان بنی‌صدر، دکتر ولایتی به عنوان موافق طرح برکناری رئیس جمهور، دلایلی در موافقت با این طرح اعلام کرد از جمله: 1- بنی‌صدر تفکیک کننده قوا بود 2- رفتار وی در طول این مدت حاکی از دورویی و دوچهرگی و غدر و حیله بوده است 3- عدم صداقت سیاسی بنی‌صدر 4- ترویج اخلاق استکباری توسط او 5- ترویج و اعمال خودمحوری 6- اتحاد با دشمنان قسم خورده داخلی و خارجی اسلام 7- تلاش برای بی‌اعتبار کردن نهادهای انقلابی که استوانه‌های این انقلاب هستند 8- بی‌اعتبار کردن اسلام و رشد ملی‌گرایی و هر نوع مکتب و تفکر ضد اسلامی در مقابل اسلام 9- بی اعتبار کردن یاران امام(ره) 10- متشکل کردن ضدانقلاب زیر چتر دفتر هماهنگی (اسنادی که از دفتر هماهنگی به دست آمده این را نشان می‌دهد) 11- ایجاد جو روانشناسی تخریب و....
در ادامه دکتر زرگر صحبت کرد و به طرح‌های مختلف برای انحراف سایر انقلاب‌ها اشاره کرد. وی سپس حضور بنی‌صدر را با طرح و برنامه برای انحراف انقلاب ایران دانست و به سیر حضور او از پیش از انقلاب تا آن زمان اشاره کرد.
روز 31خرداد 1360 اولین ناطق، علی‌اکبر معصومی بود که درباره التقاط فکری بنی‌صدر صحبت کرد و پس از او خلخالی به شورش‌های مسلحانه تهران و لزوم رسیدگی به پرونده بنی صدر اشاره کرد. علاوه بر این، ارتباط رئیس جمهور با آمریکا و نیز اغتشاشات روزهای گذشته به عنوان دلایلی بر عدم کفایت سیاسی بنی صدر مطرح شد.
در نهایت ساعت 4:30 بعد از ظهر تصمیم مجلس مبنی بر تصویب عدم کفایت بنی‌صدر با 177 رای موافق، 12 رای ممتنع و یک رای مخالف اعلام شد. به دنبال عزل بنی‌صدر، حجت‌الاسلام قدوسی دادستان انقلاب اسلامی حکم دستگیری وی را صادر کرد.
نامه رئیس وقت مجلس به امام(ره) درباره تصویب طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر
پس از تصویب طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر توسط مجلس شورای اسلامی، رئیس مجلس وقت نامه‌ای را به امام خمینی(ره) نوشت که در آن نامه آمده بود:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم
محضر شریف حضرت آیت اللّه العظمی امام خمینی ـ اداماللّه ظله
محترماً به عرض می رساند، رأی مجلس شورای اسلامی در جلسۀ مورخ 1360/3/31 پس از بحث و بررسی با حضور 190 نفر به شرح زیر:
آرای موافق: 177
رأی مخالف: یک نفر
آرای ممتنع: دوازده نفر
در مورد آقای سید ابوالحسن بنی صدر بر این قرار گرفت که "آقای ابوالحسن بنی صدر برای ریاست جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارد" به موجب اصل 110 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مراتب برای اتخاذ تصمیم به خدمت امام عظیم الشأن گزارش می گردد.
رئیس مجلس شورای اسلامی
60/3/31 ـ اکبر هاشمی رفسنجانی»
صدور حکم عزل بنی‌صدر توسط امام خمینی(ره)
در روز اول تیرماه 1360 نیز امام خمینی(ره) با صدور حکمی عزل بنی‌صدر از مقام ریاست جمهوری را رسما اعلام کردند. متن حکم امام (ره) به شرح زیر است:
«بسم اللّه الرحمن الرحیم
پس از رأی اکثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینکه آقای ابوالحسن بنی صدر برای ریاست جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارد، ایشان را از ریاست جمهوری اسلامی ایران عزل نمودم.
اول تیرماه 60
«روح اللّه الموسوی الخمینی»
