در کتاب خاطرات حجت‌الاسلام علی اکبر ناطق نوری که توسط مرکز اسناد انقلاب منتشر شده آمده است. یکی از مباحثی که در آغاز مسئولیت جدید ایشان (مقام معظم رهبری) قابل توجه بود، بحث مکان استقرار مقام معظم رهبری بود پیشنهاد بعضی‌ها این بود که آقا به جماران تشریف ببرند و از همان تشکیلات و امکاناتی که حضرت امام داشتند، استفاده کنند. من خودم به چند دلیل معتقد بودم که ایشان به جماران یا منظریه تشریف ببرند؛ یکی به لحاظ امنیتی بود، زیرا در تمام دوران جنگ شهر تهران به راحتی بمباران و موشک‌باران می‌شد، اما جماران پای کوه قرار داشت لذا پرواز و مانور در آنجا خیلی سخت بود.
دوم اینکه چون رهبری علی‌الدوام و شب و روز در محل سکونتشان هستند از نظر آب و هوایی هم باید جای مناسبی فراهم شود. البته آقا به جهت عاطفی و احترام نسبت به حضرت امام و احمد آقا، جماران را نپذیرفتند.
همچنین اردوگاه شهید باهنر در منظریه تهران را قبول نکردند و فرمودند اولاً این قدر بالا و دور از مردم نمی‌خواهم بروم، ثانیاً آموزش و پرورش و فرهنگیان و دانش‌آموزان دلشان به همین اردوگاه خوش است، من راضی نیستم که حالا این را بگیرم. خودشان فرمودند:«در همین منطقه ریاست جمهوری می‌مانیم، چون اینجا مسئولان، مجلس و دولت و قوه قضائیه در دسترس هستند، در ضمن مثل بقیه مردم در داخل شهر هستیم و از حیث حفاظت هم منطقه حفاظت شده است و مشکل خاصی ندارد و حفاظت جدید نمی‌خواهد».
رئیس دفتر رهبری
از ابتدا بحث بود که رئیس دفتر ایشان چه کسی باشد؟ عده‌ای به طور طبیعی می‌گفتند: احتمالاً آقای ناطق است که هم مورد اعتماد ایشان و هم اینکه کار اجرایی کرده است. ارتباطش با علما و آخوندها زیاد است و روابط عمومی ایشان هم خوب است. بعضی‌ها هم می‌گفتند: مردم را خوب می‌شناسد، می‌داند مجلس یعنی چه؟ بعضی دیگر می‌گفتند ایشان منتسب به جناح خاصی است،در این صورت دفتر آقا جناحی می‌شود. بعضی هم از جناح مقابل، آقای عبدالله نوری را پیشنهاد می‌دادند. مرحوم حاج احمدآقا جمع بین هر دو کرد، خدا رحمتش کند، آمد پیش آقا و گفت: «پیشنهاد من این است که شما آقای ناطق نوری و آقای عبدالله نوری را بیاورید هر دو هم نوری هستند، منتهی یک نور اصفهان و دیگری هم نور مازندران که از دو جناح موجود است و کسی هم دیگر حرفی نمی‌زند.»
یک روزی که خدمت ایشان بودم، فرمودند: «دیگر چه کسانی به ذهن شما برای مسئولیت دفتر می‌رسد» من اینجا که ایشان بنده و یا عبدالله نوری را به اعتبار همان جناحی بودن مصلحت نمی‌داند. چون وقتی ایشان رهبر شدند به مزاج عده‌ای سازگار نبود و «ان‌قلت‌ها» را شروع کردند، رادیوهای بیگانه هم خیلی جوسازی می‌کردند و در داخل هم بعضی دامن می‌زدند اگر رئیس دفتر ایشان هم یک فردی جناحی، مثل من می‌شد جوسازی‌ها افزایش می‌یافت. روزی که خدمت ایشان بودیم، خود ایشان فرمودند:«این آقای محمدی گلپایگانی چطور است؟»
آقا قبلاً در عقیدتی سیاسی نیروی هوایی ارتش با ایشان مرتبط بودند و ایشان را خوب می‌شناختند و در عمده سفرهایی که آقا داشتند، آقای محمدی گلپایگانی همراه ایشان بودند. از روحیات و خلقیات ایشان آشنایی و آگاهی کامل داشتند، اما دلیل اصلی که باعث شد آقا ایشان را به بقیه کاندیداها ترجیح دهند این است که هیچ کسی نمی‌تواند آقای گلپایگانی را به جناحی خاص نسبت دهد. امروز بعد از15 سال، کسی نمی‌تواند بگوید آقای گلپایگانی مثلاً چپی است یا راستی، اصلاً نمی‌شود ایشان را جناحی دانست. بنابر این با توجه به انتظاراتی که از دفتر دارند و مباحثی که در دفتر وجود دارد، کسی نمی‌تواند ادعا کند که دفتر خطی برخورد کرده است شیوه انتخاب ایشان در آن مقطع و شاید برای همیشه جزء بهترین شیوه‌هاست. لذا ایشان را به عنوان رئیس دفتر انتخاب کردند و ایشان هم به تدریج با کار آشنا شدند.
