روز 11 خرداد 1366 حجج اسلام سیدعلی خامنه ای و اکبر هاشمی رفسنجانی در نامه ای به امام خمینی(ره) خواستار تعطیل حزب جمهوری اسلامی شدند. امام با این درخواست موافقت کردند.
متن نامه حجج اسلام خامنه ای و هاشمی رفسنجانی و پاسخ امام خمینی(ره) به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم. محضر مبارک مرجع عالیقدر و رهبر کبیر انقلاب، حضرت امام خمینی – مدظله العالی.
همانطور که آن رهبر عزیز اطلاع دارند، تأسیس «حزب جمهوری اسلامی» از طرف هیأت مؤسس با مشورت آن مقام معظم و در شرایطی انجام شد که نیاز به یک تشکل در برابر انبوه مسائل در آغاز انقلاب و لزوم انسجام و انتظام نیروهای آگاه و مؤمن و گسترش آگاهی های انقلابی و تربیت کادرهای فعال و کارآمد برای اداره کشور و خنثی کردن توطئه گروهک ها و عوامل دشمن خارجی و ضدانقلاب داخلی به شدت احساس میشد. این حزب در طول سالهای گذشته در حد توان خود به منظور تثبیت نظام جمهوری اسلامی و انجام تکالیف بزرگی که بر دوش خود حس میکرد، از هیچ کوششی فروگذار نکرد؛ و در کوران توطئه های چپ و راست با فداکاری و تقدیم شهدایی که بعضی از آنان چهره های برجسته و فراموش نشدنی انقلابند، از جمله شهدای هفتم تیر، نقاب از روی نفاق برانداخت و مظلومیت و حقانیت خط امام را به نمایش گذارد.
در طول جنگ تحمیلی، حزب جمهوری اسلامی در سراسر کشور به وظیفه اسلامی خود برای بسیج مردم و شرکت فعال در جبهه های نور عمل کرد، و جمعی از کادرها و اعضای آن در این جهاد مقدس به افتخار شهادت نائل آمدند. تعبد افراد این حزب به اسلام و اعتقاد راسخ آنان به ولایت فقیه، که خود عامل مهمی در کینه توزی ضدانقلاب بود، ایجاب می کرد که در مراحل و مقاطع مختلف انقلاب، با کسب رهنمودهایی از آن مقام معظم، حرکت حزب را تنظیم و سیاست های آن را پی ریزی نمایند.
اکنون به فضل الهی نهادهای جمهوری اسلامی تثبیت شده و سطح آگاهی و درک سیاسی آحاد ملت انقلاب را از جهات عدیده آسیب ناپذیر ساخته و روشن بینی و توکل و قوت ارادة آن رهبر عالیقدر و فداکاری و آمادگی مردم حزب الله توطئه های ضدانقلاب داخلی و استکبار جهانی را بی اثر و کم خطر نموده است. لذا احساس می شود که وجود حزب، دیگر آن منافع و فواید آغاز کار را نداشته، و بعکس، ممکن است تحزّب در شرایط کنونی بهانه ای برای ایجاد اختلاف و دودستگی و موجب خدشه در وحدت و انسجام ملت گردد و حتی نیروها را صرف مقابله با یکدیگر و خنثی سازی یکدیگر کند. لذا، همان طور که قبلاً نیز کراراً عرض شد، شورای مرکزی پس از بحث و بررسی مبسوط و مستوفا با اکثریت قاطع به این نتیجه رسید که مصلحت کنونی انقلاب در آن است که «حزب جمهوری اسلامی» تعطیل و فعالیتهای آن به کلی متوقف گردد.
مراتب برای استحضار و کسب رهنمود عالی معروض می گردد. والامر الیکم، و ادام الله بقائکم الشریف. سیدعلی خامنه ای - اکبر هاشمی رفسنجانی
بسمه تعالی
جنابان حجت الاسلام آقای خامنهای و آقای هاشمی - دام توفیقهما
موافقت می شود. لازم است تذکر دهم که حضرات آقایان مؤسسین محترم حزب، مورد علاقة اینجانب می باشند. امیدوارم همگی در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیة اسلام و جمهوری اسلامی کوشا باشید. ضمناً تذکر میدهم که اهانت به هر مسلمانی چه عضو حزب باشد یا نه، برخلاف اسلام و تفرقه اندازی در این موقع از بزرگترین گناهان است. والسلام علیکما و رحمةالله.
11 خرداد 66
روح الله الموسوی الخمینی
صحیفه امام خمینی، ج 20، ص 275 و 276