به نقل از پایگاه اطلاع رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی، با اوج گرفتن تحرکات بهائیان، مبارزه با این فرقه در دستور کار روحانیت قرار گرفته و حوزه‌های علمیه و روحانیون در صف اول مبارزه با بهائیان قرار گرفتند. از این بین مبارزات آیت‌الله بروجردی در قالب مرجعیت شیعه از اهمیت بالایی برخوردار بود. آیت‌الله بروجردی همواره نسبت به همدستی رژیم منحوس پهلوی با بهائیت اظهار تاسف کرده و هشدار می‌داد و در شرایط حساس اقدام به صدور فتوا علیه این فرقه ضاله می‌کرد.
از اواخر دهه بیست با اوج گرفتن تحرکات بهائیان، مبارزه با این فرقه در دستور کار روحانیت قرار گرفته و رفته‌رفته جنبه سیاسی به خود گرفت. چرا که مبارزه با بهائیت از یک سو مبارزه با استکبار غربی به عنوان حامیان این فرقه بود و از طرف دیگر مبارزه با حکومت و اجزای آن تلقی می‌شد، زیرا بسیاری از چهره‌های مهم و متنفذ دربار پهلوی معروف به داشتن گرایش بهائیگری بودند. در چنین شرایطی حوزه‌های علمیه و روحانیون در صف مبارزه با بهائیان قرار گرفتند. از این بین مبارزات آیت‌الله بروجردی در قالب مرجعیت شیعه از اهمیت بالایی برخوردار بود.
«بسم الله الرحمن الرحیم؛ به عرض می‌رساند، امید آنکه وجود محترم از بلیات محفوظ بوده، موفق و مؤید باشید. چند روز است که از اطراف به وسیله مکاتیب و تلگراف به من شکایت از فرقه ضاله بهائیه می‌کنند. از جمله مکتوبی است که از اطراف کرمان رسیده و تلگرافاتی است که از الیگودرز مخابره و رونوشت به حقیر داده‌اند. مکتوبی هم امروز از جناب مستطاب ثقه‌الاسلام آقای شیخ محمد مصدرالاموری که در الیگودرز است رسیده، چنین معلوم می‌شود که بخشدار و سایر رؤسای ادارات از فرقه ضاله بهائیه حمایت می‌کنند و قاسم فولادوند به واسطه حماقتی که دارد، بخشدار و غیره را تقویت می‌نماید. لذا عده‌ای از مسلمین در تلگرافخانه متحصن شده‌اند. خواهشمند است جنابعالی جناب اشرف آقای نخست‌وزیر را ملاقات کنید و مطلب را به ایشان برسانید که هرچه زودتر قضیه را خاتمه دهند که منجر به نزاع و مقابله و خونریزی نشود. در خاتمه سلامت و سعادت جناب مستطاب را از خداوند تعالی مسئلت می‌نماید.»
حجت‌الاسلام فلسفی جزئیات این ملاقات را این‌گونه روایت می‌کند: «بهائی‌ها در شهرستان‌ها مسئله‌ساز شده بودند و قدرتنمایی می‌کردند. به امر حضرت آیت‌الله‌العظمی بروجردی، وقت ملاقات گرفتم و نزد مصدق رفتم و پیام آقای بروجردی را به وی رساندم و گفتم: شما رئیس دولت ایران هستید و الان بهائی‌ها در شهرستان‌ها فعال هستند و مشکلاتی را برای مردم مسلمان ایجاد کرده‌اند؛ لذا مرتبا نامه‌هایی از آنان به عنوان شکایت به آیت‌الله بروجردی می‌رسد؛ ایشان لازم دانستند که شما در این‌باره اقدام بفرمائید. مصدق بعد از تمام شدن صحبت من به‌گونه تمسخرآمیزی قاه‌قاه و با صدای بلند خندید و گفت: آقای فلسفی از نظر من مسلمان و بهائی فرق ندارند! همه از یک ملت و ایرانی هستند!
این پاسخ برای من بسیار شگفت‌آور بود زیرا اگر سوال می‌کرد فرق بین بهائی و مسلمان چیست برای او توضیح می‌دادم. اما با آن خنده تمسخرآمیز و موهن دیگر جایی برای صحبت کردن باقی نماند. لذا سکوت کردم و موقعی که به محضر آیت‌الله بروجردی رسیدم این جمله را گفتم ایشان نیز به حالت بهت و تحیر پیام مصدق را استماع کرد.»
آیت‌الله بروجردی در آغاز امیدوار بود که با تذکر درمورد خطری که از سوی بهائیان متوجه دین، دولت و ملت است، مقامات دولتی را وادار کند تا در مورد آن مسئله اقدام کرده و از نفوذ آنها در دستگاه‌های دولتی و خودسری‌ها و آشوب و بلوای آنان جلوگیری کنند؛ اما پس از یک سلسله مکاتبات و پیام‌های شخصی برای نخست‌وزیران وقت و دیگر مقامات، وقتی که بی‌تفاوتی آنها را به آن مسئله احساس کرد و حتی متوجه ارتباط بهائیان با مقامات دولتی شد، مذاکره با مقامات مملکتی را "لغو و بیهوده" دانست.
در همین رابطه آیت‌الله بروجردی در نامه‌ای به حجت‌الاسلام فلسفی، ایجاد زمینه‌های فعالیت بهائیان از سوی رژیم را غیرسهوی و عمدی دانست و نوشت:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم؛ به عرض می‌رساند مرقوم شریف واصل گردید؛ جوابی که داده‌اند دال بر این است که ایجاد نفوذ و تقویت این فرقه از روی عمد و قصد است نه خطا و سهو؛ تظاهراتی که نادرا [از سوی دولت] مشاهده می‌شود بر آنها، فقط و فقط تظاهر و اغفال است نه حقیقت؛ و این دستگاه یا آلت صرف و متحرک و بدون اراده و اختیار است یا به غلط مصلحت مملکت را در تقویت و موافقت منویات اینها تشخیص داده؛ یا بعض چرخ‌های آن مصلحت شخصیه خود را بر مصلحت مملکت ترجیح می‌دهد. به هر تقدیر مذاکرات در این موضوع را [با دولت] لغو و بیهوده می‌بینم.»
بعد از ماه مبارک رمضان سال 1333 و با اوجگیری فعالیت بهائیان و افشای ارتباط آنها با دستگاه‌های دولتی، آیت‌الله بروجردی طی مصاحبه‌ای با روزنامه کیهان خواستار اخراج بهائیان از ادارات دولتی و بنگاه‌های ملی شد[5]؛ ایشان در همین رابطه نامه‌ای به حجت‌الاسلام فلسفی نوشته و از او خواست تا ضمن دیدار با محمدرضا پهلوی، اعتراض و گله‌مندی معظم‌له از این وضعیت را به گوش او برساند. متن نامه چنین بود:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم؛ به عرض عالی می‌رساند چندی قبل از آبادان مکتوبی از بعضی وکلا حقیر رسیده و اظهار داشته بودند که تقریبا اداره امور نفت آبادان با فرقه بهائیه شده. دیروز مکتوب دیگری از بعضی وکلا حقیر نیز رسید که موید مکتوب اول بود. نمی‌دانم اوضاع ایران به کجا منجر خواهد شد. مثل آنکه اولیاء امور ایران در خواب عمیقی فرو رفته‌اند که هیچ صدایی هر چند مهیب باشد آنها را بیدار نمی‌کند. عاقبت امور ایران را از این فرقه حقیر خیلی می‌بینم. به اندازه‌ای اینها در ادارات دولتی راه دارند و مسلط بر امور هستند که دادگستری جرئت اینکه یک نفر از اینها را که ثابت شده است قاتل بودن او در ابرقوه پنج مسلمان بی‌گناه را، مجازات نمایند ندارند. نمی‌دانم با که باید صحبت کرد و با کدام ناقوس خوابیده‌ها را بیدار کرد. گمان ندارم اندک فایده‌ای مترتب شود. به کلی حقیر از اصلاحات این مملکت مایوسم.»
پس از کودتای 28 مرداد و با گسترش تسلط آمریکا و انگلیس، افزایش نفوذ بهائیان در دستگاه‌های دولتی نیز محتمل‌تر بود. از همین‌رو مبارزات آیت‌الله‌العظمی بروجردی شکل جدی‌تری به خود گرفت. در تیرماه 1334، ایشان با ارسال نامه‌ای به فضل‌الله زاهدی، خواست تا از تبلیغات مضره فرقه بهائیت جلوگیری شده و محافل و مراکز تبلیغاتی آنها در تمام نقاط کشور تعطیل شود.
