علی یونسی در مصاحبه با روزنامه آفتاب یزد و درباره این نظر که روحانی ریاست جمهوری را رها کند و به عضویت در مجلس خبرگان بپردازد گفت: به نظر من طرح چنین مسائلی یا ناشیانه است یا خیلی خطرناک. آقای روحانی بسیار باهوش‌تر از این است که وارد این گونه مسائل شود. روحانی با آگاهی، مسئولیتی را پذیرفته و مصمم است که وظیفه ریاست جمهوری را تا آخر که 8 سال است، دنبال کرده و طی کند.
وی می‌افزاید: اگر روحانی در برخی حوزه‌هادچار کم‌کاری و کاستی‌هایی هم بوده، به خاطر آن است که برای وی موانع و سدهایی ایجاد کردند روی هم رفته هیچ کسی نمی‌تواند با او در سال 96 رقابت جدی کند.
خبرنگار آفتاب یزد در این مصاحبه پرسید «هر چند در انتخابات هفتم اسفند رأی‌آوری لیست 16+30 در تهران، یک پیروزی برای اصلاح‌طلبان و اعتدال قلمداد می‌شد، اما سوم شدن حسن روحانی رئیس جمهور ایران در انتخابات مجلس خبرگان هم جای حرف و حدیث داشت. به نظر می‌آید که سوم شدن روحانی در خبرگان یک هشدار مردمی به اوست. از دیدگاه شما آیا این موضوع زنگ خطری برای دولت یازدهم است؟ چرا روحانی سوم شد؟» یونسی در پاسخ گفت: تحلیل ما از انتخاب مجلس شورای اسلامی با خبرگان متفاوت است. با یک تحلیل مشابه نمی‌توانیم نتیجه هر دوی این انتخابات را بررسی کنیم. مردم به خبرگان با یک نگاه خاص رأی می‌دهند، در اینکه آنها به هاشمی رفسنجانی رأی دادند یک معنای ویژه وجود داشت. از طرفی فراموش نکنیم نفر دوم انتخابات خبرگان، یعنی آقای امامی کاشانی فردی است که از هیچ گروه خاصی مخالفی نداشته است، امامی کاشانی کسی بود که هم آرای اصلاح‌طلبان و هم اصولگرایان را به خود اختصاص داد، در حالی که درباره آقای روحانی وضعیت متفاوت است. او مخالفینی در میان جریان سیاسی رقیب دارد. بنابراین طبیعی است که آقای امامی کاشانی باید در میزان آرایی که کسب کرده از روحانی جلوبیفتد.
یونسی می‌افزاید: انتخابات خبرگان برای روحانی این پیام را داشت که مردم به عنوان نفرهای اول به او رأی دادند و نه نفر اول. شاید انتظار دوستان آقای روحانی این بود که ایشان نفر اول بشود اما مردم اینگونه تشخیص دادند که برای خبرگان، او جزو نفرات اول باشد.
