هنگامی که بریتانیا در سال ۱۹۶۸ (۱۳۴۷) قصد خود را برای خروج از منطقه خلیج فارس اعلام کرد، شیخ‌نشین شارجه ادعای خود را در مورد مالکیت جزیره بوموسی اعلام کرد. محمدرضا پهلوی هم به سر الک داگلاس-هیوم، وزیر خارجه وقت بریتانیا گفت که این جزایر متعلق به ایران است و باید به این کشور بازگردد.
ایران در ۲۹ نوامبر ۱۹۷۱ با حاکم وقت شارجه وارد مذاکره شد و اعلام کرد که ایران هیچگاه از حق مالکیت خود بر این جزیره صرف‌نظر نخواهد کرد. البته حاکم شارجه نیز بر حق حاکمیت خود بر این جزیره پافشاری کرد.
در جریان این مذاکره، توافق شد که ایران حق اعمال حاکمیت بر بخش‌های شمالی این جزیره را داشته باشد و بتواند نیروهای نظامی خود را در آن مستقر کند، شارجه نیز به اعمال حاکمیت بر بخش جنوبی و پاسگاه پلیسی در این جزیره رضایت داد.
ارتش شاهنشاهی ایران با هدف اعمال حاکمیت خود بر این جزیره، روز ۳۰ نوامبر ۱۹۷۱ (۸ آبان ۱۳۵۰) و در نبود نیروهای بریتانیایی وارد بوموسی شد. اقدامی که گفته می‌شود، چراغ سبز بریتانیا را به همراه داشته است.
حتی مطابق اسنادی که دو سال پیش منتشر شد، بریتانیا با شاه در مورد تحویل جزایر مورد اختلاف از جمله بوموسی به توافق پشت پرده‌ای دست یافته بودند.
این اقدام درست دو روز پیش از تاسیس کشور امارات عربی متحده، متشکل از هفت شیخ‌نشین، در تاریخ ۲ دسامبر ۱۹۷۱ انجام شد.
ایران در تابستان سال ۱۹۹۲ (۲ شهریور ۱۳۷۱) افزون بر کنترل رفت و آمد کشتی‌ها، کنترل کامل جزیره بوموسی را از جمله با ممانعت از ورود اتباع کشورهای ثالث به آن، به دست گرفت.
پاسگاه پلیسی که استقرار آن در ۲۹ نوامبر ۱۹۷۱ مورد توافق ایران و حاکم شارجه قرار گرفت، همچنان در جنوب بوموسی و منطقه‌ای که بومیان اماراتی، حدود ۵ هزار نفری در آن زندگی می‌کنند، وجود دارد.
طی سال‌های اخیر، یعنی در اسفند گذشته و در مهر ۱۳۸۹، اعلام شده که سپاه پاسداران پرچم امارات عربی متحده را که در پاسگاه جزیره بوموسی به اهتزاز درآمده، پایین کشیده‌اند.
ایران از دوره پهلوی تاسیسات، ادوات و نیروهای نظامی خود را در این جزیره مستقر کرده و فرودگاه و اسکله‌ای در شمال غربی آن ساخته است. یک اسکله کوچک نیز در جنوب این جزیره در اختیار تجارت ساکنان بومی آن قرار دارد ولی ترددهای آن تحت کنترل ایران است.
جایگاه استراتژیک بوموسی از جمله اشراف آن به تنگه هرمز و قرار گرفتن در عمیق‌ترین پهنه آبی خلیج فارس که امکان تردد نفتکش‌ها را می‌دهد، مهمترین دلایل اهمیت آن است.
بنا به استنادات مورخان سابقه مالکیت ایران بر جزیره بوموسی بسیار طولانی‌تر از سه سده اخیر است و این جزیره بخشی از امپراتوری‌های مختلف ایران بوده است.
