متن پیام محمد مخبر سرپرست ریاست جمهوری به شرح زیر است:
«انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت عالم وارسته حضرت آیت‌الله نکونام گلپایگانی، عضو فقید جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، موجب تاثر و اندوه خاطر شد.
این روحانی فرهیخته و پرهیزگار، پس از سال‌ها کسب فیض از محضر علمای بزرگوار حوزه‌های علمیه اراک و قم، همه عمر شریف خود را با اخلاص وقف ترویج و تبیین معارف اسلامی، تربیت شاگردان و خدمت به مردم و انقلاب نمود و کارنامه علمی و فرهنگی ارزشمندی از خود به یادگار گذاشت که به یقین توشه‌ای گرانبها برای آخرت ایشان خواهد بود.
اینجانب این ضایعه را به حوزه‌های علمیه، علمای اعلام، شاگردان، ارادتمندان و به ویژه بیت مکرم آن مرحوم تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند بزرگ در این ایام سوگواری سرور و سالار شهیدان برای ایشان علو درجات و همجواری با ائمه اطهار علیهم السلام و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسئلت دارم.
محمد مخبر
سرپرست ریاست جمهوری»
