متن پیام حسن روحانی در پی درگذشت میلی منفرد به نقل از سایت روحانی به این شرح است:
انا لله و انا الیه راجعون
خبر درگذشت جناب آقای دکتر جعفر میلی‌منفرد موجب تأسف و تأثر فراوان شد. دکتر میلی‌منفرد از مدیران برجسته دانشگاهی و چهره‌های شاخص علمی بود که متأسفانه در دولت یازدهم توفیق همکاری با ایشان در سمت وزیر علوم را کسب نکردیم اما در مقام معاون آموزشی وزارتخانه، منشأ خدمات فراوان شد.
اینجانب فقدان این استاد فرهیخته، مدیر توانمند و دلسوز را به جامعه علمی و دانشگاهی کشور، همکاران ایشان در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و خانواده شریف و گرانقدرشان تسلیت عرض می‌کنم و از درگاه خداوند متعال برای ایشان رحمت و مغفرت و برای بازماندگان معزز ایشان صبر و سلامتی مسألت دارم.
حسن روحانی
۱۴۰۳/۰۳/۱۸
