آیت‌الله خامنه‌ای از جمله روحانیون مبارزی به شمار می‌رفت که در ایام مبارزه علیه رژیم پهلوی ، محل بحث و مشورت اعتقادی و سیاسی انقلابیون، به ویژه دانشجویان بود. بنابر اسناد ساواک، در سال ۱۳۵۶ مهدی باکری که به تازگی در رشته مهندسی از دانشگاه تبریز فارغ‌التحصیل شده بود، به همراه تعدادی دیگر از دانشجویان به دیدار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد رفت.
آنچه که در ادامه می‌خوانید روایتی از این دیدار است که در کتاب «شرح اسم» آمده و موسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی به مناسبت سالروز شهادت شهید مهدی باکری (۲۵ اسفندماه) آن را منتشر کرده است.
«مهدی باکری روزهایی از تابستان ۱۳۵۶ در مشهد بود و آنچه مسلم است گفت وگوهایی با آقای خامنه ای داشت.
در این سفر او و همراهانش به دیدار آقای خامنه ای رفتند، حتما از مناسبات گسترده او با دانشجویان آگاه بودند. از جزئیات این دیدار خبری در دست نیست. ساواک مشهد متوجه آن نشد، اما چندی بعد که باکری به تبریز بازگشت، جاسوسان این سازمان شنیدند که آقای خامنه ای توصیه هایی به این گروه از دانشگاهیان کرده است: 1-برای رفع اشکالات(سوالات دینی ، فقهی) به حاجی نصرالله شبستری و شریبانی رجوع کنید؛ کتب شریعتی را بایستی بیشتر خواند و بررسی دقیق نمود؛ دانستن زبان عربی؛ کار روی موضوع‌های مشروح و بسط‌دار از قبیل نبوت و بررسی بعد تاریخی...آنها؛ برداشت‌های خود را از قرآن استخراج کردن و حرکت مطابق شرایط موجود؛ بیشتر با حدیث آشنا شدن؛ تماس با علما، گرچه در سطح پایین باشند، برای انس گیری بیشتر؛ نداشتن تعصب و پیش داوری در تحقیق و بررسی؛ آشنایی با افکار و روش‌های علمی و تحقیقی در سطح جهان و کلاً نتایجی که به آن رسیده‌اند، در بررسی قرآن لازم است.
آنچه که مهندس باکری و دوستانش در دیدار با آقای خامنه‌ای در مشهد یادداشت کرده، با خود به تبریز آوردند، در واقع پاسخی بود به چگونگی تقویت مبانی فکری دانشجویان دانشگاه تبریز.»
