پس از انتخاب رئیس جمهور توسط مردم در انتخابات، رئیس جمهور منتخب ابتدا باید حکم تنفیذ را پیش از مراسم تحلیف از رهبر انقلاب دریافت کند؛ تنفیذ حکم رئیس‌جمهور ایران به وسیله ولایت فقیه، از اختیارات او در قانون اساسی است و هرگز جنبه تشریفاتی و صوری ندارد؛ یعنی، قانوناً تا زمانی که ولایت فقیه حکم رئیس‌جمهور منتخب را تنفیذ نکند، وی ریاستی بر قوه مجریه ندارد.
در حکم تنفیذ، امضای ولی فقیه به نتیجه انتخابات مردم مشروعیت می‌دهد و امام خمینی در تنفیذ حکم ریاست جمهوری نخستین رئیس جمهور بعد از پیروزی انقلاب، گفته است؛ «بر اساس آنکه مشروعیت آن (ریاست جمهوری) باید به نصب فقیه جامع الشرایط باشد، این جانب به موجب این حکم رای ملت را تنفیذ، و ایشان را به این سمت منصوب نمودم.» تنفیذ حکم ریاست جمهوری نقش نظارتی تا انتهای دوران ریاست جمهوری دارد و در صورت انحراف رئیس‌جمهور از اصل تعیین شده، او را فاقد اعتبار و مشروعیت می‌کند.
اما رهبر معظم انقلاب از سال ۶۸ تاکنون ۸ حکم تنفیذ را به روسای جمهور منتخب داده‌اند و در ۱۲ مرداد نهمین حکم تنفیذ را به هشتمین رئیس جمهور منتخب خواهد داد. مقام معظم رهبری در مراسمی که حکم تنفیذ را رئیس جمهور را به امضا می‌رسانند همواره توصیه‌هایی را به منتخبین مردم دارند.
سال ۶۸؛ امضای اولین حکم تنفیذ ریاست جمهوری توسط رهبر انقلاب
سال ۶۸ اولین سالی بود که رهبر معظم انقلاب پس از رحلت امام خمینی حکم تنفیذ رئیس جمهور منتخب یعنی آیت الله هاشمی رفسنجانی را به امضا رساندند، آیت الله خامنه‌ای در این مراسم از آمادگی، استعداد و تعهد برای انجام دادن کار براساس سیاست‌های کلی کشور به عنوان یکی از ویژگی‌های لازم برای مدیریت صالح نام برده و خطاب به رییس جمهوری برگزیده فرمودند: اینجانب از سال ۱۳۳۶ تاکنون ایشان را از نزدیک می‌شناسم و در صحنه‌های مختلف یا یکدیگر همکار و همفکر بوده‌ایم یک آزمایش چهل ساله برای ایجاد اعتماد در انسانی کافی است و من در همه این مدت ایشان را در راه خدا و حقیقت و اعلای کلمه دین و پیشبرد اهداف اسلامی مشاهده کرده‌ام.
اینجانب ضمن سپاس مجدد از الطاف نهان و آشکار حضرت حق تعالی جلت عظمته، به پیروی از ملت عظیم الشأن و با معرفت به مقام و مرتبت یاور صمیمی امام و شخصیت برجسته نظام جمهوری اسلامی و بازوی توانا و زبان گویای آن، جناب آقای هاشمی رفسنجانی دامت تأییداته رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم و بدیهی است که این رأی و تنفیذ تا زمانی است که ایشان در همین صراط مستقیم و نورانی که عمر شریف خود را تاکنون در آن گذرانیده اند یعنی راه دفاع از اسلام ناب محمدی صلی الله علیه و آله و مجاهدت برای تحقق حاکمیت کامل قرآن و عمل به شریعت و طرفداری از محرومین و مستضعفین و کوشش برای ریشه کن کردن فقر و محرومیت و استقرار عدالت اجتماعی، راه خود را ادامه دهند که البته چنین خواهد بود.
صدور حکم تنفیذ مرحوم رفسنجانی برای بار دوم
اما دوره بعدی ریاست جمهوری آیت الله هاشمی رفسنجانی از ۱۲ مرداد ۱۳۷۲ با امضای حکم تنفیذ توسط مقام معظم رهبری آغاز شد، رهبر معظم انقلاب در مراسم دومین دوره ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی بیان داشتند: خدای بزرگ را سپاسگزارم که به حول و قوّه‌اش، ریاست جمهوری اسلامی ایران یک دوره کامل دیگر را طی کرد و ملت بزرگ ایران توفیق آن یافت که سر برافراشته و مصمّم، به انتخابی دیگر دست یابد و یکبار دیگر، قدرت و اراده ملی خود را در گزینش رئیس جمهوری کشورِ کهن اسلامی و بلند آوازه‌اش، در برابر چشم مردم دنیا به نمایش گذارد.
این فرصت را مغتنم شمرده، رئیس جمهوری محترم و برادر گرامی خود را به آنچه توصیه همه انبیا و اولیای مؤمنین است توصیه می‌کنم؛ یعنی رعایت تقوا و بی‌اعتنایی به زخارف دنیا و دوام ذکر الهی و اعتماد به قدرت حضرت احدیّت و ناچیز شمردن قدرت خود و همه قدرتمندان مادّی در برابر قدرت کامله الهی و مهربانی با بندگان خدا و حُسنِ سلوک با مردم؛ بخصوص قشر‌های ضعیف که نیرو‌های همیشه در صحنه انقلاب و صمیمی‌ترین یاران آنانند و حفظ موضع مستحکم همیشگی خود در برابر دشمنان و مخالفان و بدخواهان، و نیز به گزینش همکاران و مدیرانی که این معیار‌ها را در آنان بازشناخته و ثبات قدم، استحکام روحیه و استقامت فکر آنان را آزموده باشند. رهبر انقلاب اسلامی از آمادگی، استعداد و تعهد برای انجام کار براساس سیاست های کلی کشور به عنوان یکی از ویژگی های لازم برای مدیریت صالح نام بردند و فرمودند: کسانی که مسئولیتی را در هر بخشی از کشور پذیرفته‌اند باید دقیقا مجری سیاست های مشخص نظام باشند و مسئولیت خود را در جهت همان سیاست‌ها به پیش برند.
مراسم تنفیذ دولت هفتم و آغاز به کار دولت اصلاحات
در ۱۲ مرداد ۱۳۷۶ آیت الله خامنه‌ای به نتیجه انتخابات آن دوره مشروعیت بخشید و حکم تنفیذ سید محمد خاتمی را به عنوان پنجمین رئیس جمهور به امضا رساندند و در حکم ایشان آمده است: امروز به برکت الطاف کریمانه پروردگار متعال شخص برگزیده دیگری زمام قوه مجریه را در فضای معنوی و سیاسی سالم و آرام و آمیخته به روح همکاری و همنواختی، به دست می‌گیرد. خدای بزرگ را سپاس می‌گویم و جبهه ستایش و خضوع بر درگاه عظمت و قدرت الهی می‌سایم که در دنیای کنونی که بیشتر ملت‌ها یا دچار درگیری‌های خونین، یا سرگرم اختلافات خودخواهانه یا در چنگ حکام دیکتاتور، یا فریفته اغواگری‌های تبلیغات و یا دنباله رو احزاب سیاسی و رؤسای دنیا طلب آنند، ملت ایران با عزمی راسخ و برخاسته از ایمان و با شور و همتی خیره کننده، یک بار دیگر رشد عقلانی و سیاسی خود را به صحنه آورد.
انتخابات ریاست جمهوری در امنیت و نظم و آرامش کامل و با شکوهی کم نظیر برگزار شد. اکنون بار دیگر مسئولیت بزرگ ریاست جمهوری با اکثریتی قاطع بر دوش مردی روحانی و کارآزموده و انقلابی و اهل دانش و معرفت قرار یافته و یکی از تربیت شدگان حوزه معرفت دینی قدرت اجرایی را در کشوری به دست گرفته است که به برکت ایمان و دین باوری عمیق مردمش، پرچمدار نظام دینی و مفتخر به اجرای احکام اسلامی است. این جانب ضمن تبریک به ملت عزیز و با معرفت به شایستگی و برجستگی دانشمند متفکر، حجت الاسلام سید محمد خاتمی رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم. بدیهی است که تنفیذ این جانب همانند رأی ملت، تا زمانی است که ایشان به تعهد خود و صراط مستقیمی که تاکنون در پیش داشته اند یعنی راه اسلام و احکام نورانی آن و دفاع از مستضعفان و مظلومان و ایستادگی در برابر دشمنان ستمگر و زورگو و مستکبر پایبند باشند؛ که البته چنین خواهد بود. لازم می‌دانم جناب رئیس جمهوری محترم و کسانی را که ان شاءاللَّه در کنار و همکار ایشان خواهند بود، به این نکته توجه دهم که خدمت به ملت عظیم الشأن ایران، افتخاری بزرگ و ابدی است.
بار دیگر دولت اصلاحات و تنفیذ رئیس جمهور توسط رهبر معظم انقلاب
بعد از آن که خاتمی در دور دوم توسط رای مردم مجدد به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد رهبر معظم انقلاب نیز در ۱۱ مرداد ۱۳۸۰ رای مردم را تنفیذ کردند که در این حکم آورده اند: بـه یـاری الطاف کریمانه خداوند متعال و دعای مستجاب حضرت بقیه الـلـه روحـی فداه اکنون دوره تازه‌ای از مسئولیت اجرایی کشور آغاز می‌شود. ایـن هـشـتمین بار است که ملت بزرگ ایران در آزمون انتخاب رئیس جـمـهور، مـوفـق و سربلند شده و دخالت سرنوشت ساز خود در اداره کـشـور را بـه نـمـایـش نـهاده و اقـتدار ملی نظام اسلامی را به جـهانـیان نشان می‌دهد. این افتخارات مرهون انقلاب اسلامی و رهبر کـبـیر آن و فداکاری شهیدان و ایثارگران و مومنان صادق و صابری اسـت کـه جـان و تـوان خـود را در مبارزه با رژیم زور و فساد و اسـتبداد و نظام بین المللی سلطه جو و غارتگر پشتیبان آن مبذول کردند. بـی شـک هـر اقدام مجاهدت آمیز رئیس جمهور محترم و دیگر مسئولان در ایـن راه مـشـمـول کمک و پاداش الهی و پاسخ شایسته به حضور و صـمـیـمیت مردم و مورد تایید و همکاری این خدمتگزار خواهد بود.
ایـنـجـانـب بـا سـپاس خداوند متعال و عرض تبریک به ملت عزیز و بـامـعرفـت بـه مـراتب شایستگی اندیشمند فرزانه جناب حجت الاسلام آقـای سـیدمحمد خاتمی دامت معالی، رای ملت را تنفیذ و ایشان را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم. بـدیـهی است که تنفیذ اینجانب و رای ملت تا زمانی است که ایشان بـه تـعهد خـود و صـراط مستقیمی که تاکنون در پیش داشتند، یعنی راه اسـلام و احـکـام نورانی آن و دفاع از مستضعفان و مظلومان و ایـسـتادگی در برابر دشمنان مستکبر و زورگو پایبند باشند که با توفیق الهی همواره چنین خواهد بود ان شاءالله. رئـیـس محترم جمهوری را به یاد خدا و اغتنام فرصت زودگذر و اخلاص در عمل توصیه می‌کنم و قـدردانـی از مـلـت و مـراقبت از منافع ملی و اولویت دادن به نـیـاز قشر‌های مستضعف و گرامی شمردن ارزش‌های والای دین و انقلاب را بـه ایـشـان مـتـذکر می‌گردم و توفیق و هدایت و کمک الهی را برای ایشان و همه مسئولان کشور مسئلت می‌کنم.
تنفیذ ششمین رئیس جمهور توسط رهبر انقلاب
محمود احمدی نژاد ششمین رئیس جمهور، که بعد از آن که پیروز انتخابات سال ۸۴ شد حکم تنفیذ خود را در ۱۲ مرداد ۱۳۸۴ دریافت کرد، آیت الله خامنه‌ای در حکم آورده بودند: خدای حکیم قدیر را سپاس می‌گویم که با توفیق و هدایت خود، ملت ایران را در آزمون شکوهمندی دیگر، کامیاب و مفتخر ساخت و نهمین انتخابات ریاست جمهوری، مایه عزت و افتخار ایران اسلامی گشت. حماسه ملت بزرگ ما در انتخابات نهم، پدیده‌ای شگفت انگیز بود. حضور حداکثری مردم در عرصه انتخاب و نزدیک به ۶۰ میلیون رأی را در ۲ مرحله به میدان این مسابقه پربرکت آوردن جهاد بزرگ این ملت بود با مستکبران مداخله‌جو که در محاسبه شیطانی خود، مردم را بی‌تفاوت، جمهوری اسلامی را بی‌پشتوانه و انقلاب و امام را به غربت افتاده، می‌پنداشتند، ملت ایران این خواب و خیال را باطل کرد. انتخابات نهم سیلی ملت ایران بر گونه دشمنانی بود که مردمسالاری برخاسته از ایمان اسلامی را برهم‌زننده‌ی جادوی تبلیغاتشان بر ضد اسلام می‌دانند و درخشش این ستاره را بر پیشانی نظام اسلامی برنمی‌تابند.
ایران اسلامی عزم و تصمیم خود، نشاط و سرزندگی خود، و حضور پرمعنا و مبارک خود را یکبار دیگر به رخ مستکبران کشید و شیطان بزرگ را یکبار دیگر ناکام ساخت. انتخابات نهم جلوه‌ای از اعتصام ملت ایران به حبل الله بود. اکنون به برکت الطاف کریمانه‌ی حضرت حق جلت الائه و دعای مستجاب حضرت، ولی الله الاعظم روحی فداه، همت مردم عزیز، دور تازه‌ای از مدیریت را در کشور ما رقم زده و میدان را برای تلاشی نو و مدیرانی تازه‌نفس، گشوده است. اینجانب ضمن تبریک به ملت شریف و آزاده، رای آنان را تنفیذ و جناب محمود احمدی‌نژاد را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم. بدیهی است که رای ملت و تنفیذ اینجانب تا هنگامی است که ایشان به تعهد خود و صراط مستقیمی که تاکنون در آن حرکت کرده‌اند یعنی راه اسلام و آرمان‌های نظام اسلامی و دفاع از حقوق ملت و ایستادگی در برابر مستکبران و زورگویان پایبند باشند که به توفیق الهی همواره چنین خواهد بود انشاء الله.
امضای حکم تنفیذ دولت بهار برای بار دوم
بار دیگر در انتخابات سال ۸۸ احمدی نژاد به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد و در ۱۲ مرداد ۱۳۸۸ خورشیدی با خواندن متن تنفیذ به وسیله حجت‌الاسلام محمدی گلپایگانی رئیس دفتر مقام معظم رهبری قرائت شد که به این شرح است: خداوند را سپاس که بار دیگر ایران را سرافراز و مردم هوشمند ما را به آفرینش حماسه ماندگار دیگری موفق ساخت. این همه از رحمت و فضل خداوند حکیم و قدیر است که این بنده بی‌قدر و ناتوان و همه دل‌های متذکر و خاشع، باید آن را قدر بشناسیم و جبهه شکر بر آستان منعم محبوب بساییم. رای قاطع و بی‌سابقه مردم به رئیس‌جمهوری منتخب و محترم، رای به ویژگی‌هایی است که کارنامه چهار ساله دولت نهم بدان‌ها زینت یافته است و سمت و سوی گرایش‌های اکثریت بی‌چون و چرای ملت را آشکار می‌سازد. این، رای به گفتمان پربرکت و عزتمدار انقلاب اسلامی است؛ رای به استکبارستیزی و ایستادگی شجاعانه در برابر سلطه‌طلبان بین‌المللی است؛ رای به مبارزه با فقر و فساد و تبعیض و مبارزه با اشرافی‌گری است؛ رای به ساده‌زیستی و نزدیکی با مردم و غمگساری از ضعیفان و مستضعفان است؛ رای به کار و تلاش بی‌وقفه و خستگی‌ناپذیر است.
اینجانب در آستانه زاد روز فرخنده نجات‌بخش بشریت، ولی اعظم خدا و امام صالحان، حضرت حجه بن‌الحسن روحی فداه و عجل‌الله فرجه، این عید بزرگ را گرامی داشته و انتخاب جناب آقای محمود احمدی‌نژاد را در دهمین انتخابات ریاست جمهوری تبریک می‌گویم و به پیروی از ملت بزرگوار ایران، رای آنان را تنفیذ و این مرد شجاع و سختکوش و هوشمند را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم و برای ایشان و همکارانشان توفیق خدمتگزاری به مردم و تلاش در راه اعلای کلمه اسلام و اقدامات بزرگ و ماندگار و شایسته ملت و کشور عزیز و حرکت کوشنده به سوی پیشرفت و عدالت را از خداوند متعال مسألت می‌کنم؛ و بدیهی است که رای مردم و تنفیذ اینجانب تا هنگامی است که ایشان بر این صراط قویم پایدار باشند.
تنفیذ دولت یازدهم در سال ۹۲
یازدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری با انتخاب حسن روحانی به پایان رسید و آیت الله خامنه ای مقام معظم رهبری در حکم تنفیذ حجت الاسلام حسن روحانی در ۱۲ مرداد ۱۳۹۲ در بیاناتی فرمودند: مشارکت گسترده مردم و برگزیدن منتخب شایسته ای که آزمون بیش از سه دهه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را در کارنامه خود نگاشته و از دوران مبارزات انقلابی تا دهه ها پس از پیروزی انقلاب، از سنگر روحانیت، به مقاومت در برابر دشمنان انقلاب پرداخته است، پیامهایی روشن به همه رسانید؛ پیام وفاداری خدشه ناپذیر به انقلاب؛ پیام اعتماد و امید به نظام جمهوری اسلامی؛ پیام اعتماد به روحانیت شجاع و پیشرو و اعتماد به خدمتگزارانی که با همت و ابتکار خود، بر آنند که بر موفقیت ها افزوده و از مشکلات بکاهند.
اکنون که رأی قاطع ملت ایران شخصیتی دانشمند، و کار آزموده ی میدانهای گوناگون، و دارای سوابق جهادی متعدد، و مفتخر به حضور در مسئولیت های دینی و سیاسی را به مدیریت اجرایی کشور، برگزیده است، اینجانب نیز به پیروی از آنان و همراه با تبریک به ایشان، رأی ملت را تنفیذ و جناب حجه الاسلام آقای دکتر حسن روحانی را به ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می کنم و از خداوند متعال توفیقات بزرگ ایشان را در این مسئولیت خطیر و با ارزش مسألت می نمایم. بدیهی است که آن رأی و این تنفیذ تا هنگامی است که ایشان به تعهد در پیمودن صراط مستقیمی که تاکنون در پیش داشته اند یعنی راه آرمان های نظام اسلامی و دفاع از حقوق ملت و ایستادگی در برابر زورگویان.
بار دیگر تنفیذ روحانی توسط رهبر انقلاب
بار دیگر روحانی در انتخابات سال ۹۶ پیروز شد و در دور دوم روند کار خودش را ادامه داد به دنبال آن رهبر معظم انقلاب در ۱۴ مرداد ۱۳۹۶ آرای مردم را تنفیذ کردند که متن آن به شرح زیر است: این دوازدهمین جلسه از این قبیل از اوّل انقلاب تا امروزاست؛ یعنی ملّت ایران دوازده مرتبه از آغاز انقلاب، در انتخاب مدیران طراز اوّل کشور نقش‌آفرینی کرده‌اند؛ این خیلی مسئله مهمّی است. انتخابات مردم و گزینش های مردمی، دَه مجلس شورای اسلامی هم به وجود آورده است؛ پنج شورای شهر و روستا را تشکیل داده است؛ پنج مجلس خبرگان را به وجود آورده؛ اینها همه از برکت انقلاب است. نسل جدید ما فراموش نکند. آنچه ما عرض میکنیم این است که مسئولان کشور در طول این دهه توانسته‌اند بحمدالله با دنیا همکاری کنند. علی رغم اینکه همواره دشمنان خواسته‌اند ملّت ایران را منزوی کنند، اما ملت ایران منزوی نشده، با دنیا همکاری کرده، و در عین حال با نظام سلطه و استکبار مقابله‌ی جدّی کرده است؛ در برابر ترفندها توانسته‌اند ایستادگی کنند. و دشمن البته همچنان مشغول است.
یکی از نکاتی که بنده اصرار دارم تکرار کنم و نگذارم از ذهن کسی بیرون برود، حضور دشمن و ترفندهای دشمن است. امروز در درجه اوّل، مشکلات اقتصادی و معیشتی است؛ این کارِ اوّلی است که از این سه کارِ هم‌زمان باید انجام بگیرد؛ این اوّلینش است: پرداختن به مسائل داخلی، پرداختن به مشکلات مردم، مسئله معیشت و اقتصاد؛ که این را باید ان شاء الله به یک نقطه قابل قبولی، در طول این چهارسال برسانید. چند توصیه می کنم به رئیس جمهور محترم و برادران و خواهرانی که در بخشهای مختلف با ایشان همکاری خواهند داشت که این توصیه‌ها را در نظر داشته باشند. این مسئولیّت را این توانایی را، امانت بدانید، همچنان‌که امیرالمومنین فرمود: این در گردن تو یک امانتی است، این مسئولیت، امانت الهی است در اختیار من و شما، امانت داری باید کرد، حفظ امانت باید کرد.
در ۱۲ مرداد ۱۴۰۰ قرار است هشتمین رئیس جمهور ایران از رهبر معظم انقلاب حکم تنفیذ را دریافت کند، سید ابراهیم رئیسی از سه شنبه آینده رسما به عنوان رئیس جمهور تایید می‌شود و نتیجه انتخابات این دوره نیز مشروعیت پیدا خواهد کرد.
