کوچاریان در فاصله سالهای ۱۹۹۸ تا ۲۰۰۸ رئیس‌جمهور ارمنستان بود و پس از اینکه سرویس ویژه اطلاعاتی (SIS) اتهاماتی را متوجه وی کرد، دادگاهی در ایروان فرمان بازداشت این سیاستمدار ۶۳ ساله را صادر کرد.
این اقدام در شرایطی صورت گرفت که وی روز پنجشنبه در جریان گفت‌وگویی تلویزیونی اعلام کرد که این اتهامات نادرست و کاملا بر مبنای انگیزه‌های سیاسی متوجه وی شده‌اند.
کوچاریان متهم است که در انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۲۰۰۸ به نفع «سرژ سرکیسیان» هم‌پیمان خود تقلب کرده است. در فوریه و مارس همان سال هم هواداران «لوون ترپطروسیان» نامزد رقیب سرکیسیان به نتیجه انتخابات اعتراض کرده بودند.
در جریان درگیری‌هایی که آن زمان رخ داد، ۸ تن از معترضان و ۲ نفر از نیروهای پلیس کشته شدند.دادگاه قانون اساسی نتیجه انتخابات را تائید کرد.
در پی ناآرامی‌های پس از انتخابات، «نیکو پاشینیان» که از هواداران پطروسیان بود به سپری کردن ۷ سال زندان محکوم شد وی در سال ۲۰۱۱ در پی عفو از زندان آزاد شد.
