موج خشونت زمانی در این دانشگاه اسلامی آغاز شد که حامیان یک گروه هندوی افراطی به نام 'یووا واهینی' با هجوم به دانشگاه سعی کردند در مراسم تقدیر از «حمید انصاری» معاون پیشین و مسلمان رئیس جمهوری هند اختلال ایجاد کرده و مانع اعطای عضویت دائم به وی در انجمن دانشجویان دانشگاه علیگر شوند.
این گروه ملی گرای افراطی هندو همچنین اعلام کرد که دلیل اصلی نارضایتی و هجوم به دانشگاه از سوی هوادارانش، وجود عکس محمد علی جناح بنیانگذار کشور مسلمان پاکستان در ساختمان انجمن دانشجویان این دانشگاه از سال 1938 تاکنون است.
درگیری ها زمانی شدت گرفت که دانشجویان سعی کردند برای تنظیم شکایت به پلیس مراجعه کنند، اما نیروی های پلیس با باتوم و گاز اشک آور به آنها حمله کردند.
پس از این اقدام پلیس، درگیری ها تشدید شده و دانشجویان اقدام به آتش زدن عروسک نارندرا مودی نخست وزیر این کشور کردند. آنها مودی را متهم کردند که با سیاست های ملی گرایانه افراطی به جانبداری از تندورهای هندو می پردازد که نتیجه آن تشدید خشونت علیه مسلمانان و دیگر اقلیت های مذهبی است.
به دنبال آن، اینترنت در سطح دانشگاه و شهر علیگر قطع شد.
سیاستمداران منتقد حزب حاکم «بی جی پی» که مودی را به کاخ نخست وزیری فرستاده است با انتقاد شدید از وی، او را به دامن زدن به اختلافات مذهبی متهم کردند.
حمله این گروه هندوی افراطی به دانشگاه علیگر و گسترش خشونت ها باعث نگرانی شدید مسلمانانی شده است که این عمل را بخشی از روند رو به افزایش عدم تحمل در مقابل عقاید و افکار متفاوت از طریق واکنش فیزیکی در جامعه هند ارزیابی می کنند. از طرف دیگر، حمله پلیس نیز امری نگران کننده است و نشان می دهد افرادی که علیه این هرج و مرج اعتراض کنند نه تنها از سوی قانون حمایت نمی شوند بلکه مورد حمله نیز قرار خواهند گرفت.
آنچه باعث نگرانی عمیق روشنفکران در هند شده آن است که چه اتفاقی در جامعه هند افتاده است که اکنون تابلویی که بیش از 80 سال است بر روی دیوار یک دانشگاه قرار دارد ناگهان سبب بروز خشم و خشونت شده است.
ناظران معتقدند که اگر این روند ادامه یابد موسسات آموزشی ناچار خواهند شد به بازنویسی تاریخ ملی کشور بپردازند تا از اقدامات تنبیهی دولت و مجازات از سوی گروه های تندرو در امان بمانند.
دانشگاه اسلامی علیگر در سال 1875 توسط سید احمد خان بنا شد. این دانشگاه که با الهام از دانشگاه های آکسفورد و کمبریج ساخته شده است با هدف فراهم کردن یک آموزش مدرن برای مسلمانان هند در زمان استعمار انگلیس تاسیس شده بود.
این دانشگاه در طول انقلاب استقلال طلبانه هند به یک مرکز مهم فکری تبدیل شد و نقش بسیار مهمی برای شکل دادن به هویت مدرن مسلمانان در شبه قاره بازی کرد. تصویر محمد جناح که به عضویت دائمی انجمن دانشجویان این دانشگاه درآمده بود مربوط به این دوره است. تصویر وی سال ها پیش از جدایی هند و پاکستان از یکدیگر بر روی دیوار قرار گرفته بود.
دانشجویان این دانشگاه تاکید می کنند هر گونه تلاش برای پاک کردن این گذشته یک پس رفت و یک حرکت ارتجاعی است.
اما تعدادی از سیاست مداران هند از جمله یوگی ادیتیانات سروزیر ایالت اوتار پرادش پیشنهاد داده اند که محمد جناح از تاریخ هند حذف شود. بنابراین مایه تعجب نیست که وی به عنوان موسس این گروه افراطی هندو که متهم به هدایت چندین خشونت قبیله ای با استفاده از هواداران آن است، از چنین اعمالی حمایت کند. در حالی که وی در مقام سر وزیر یک ایالت باید بر ادامه حضور این تصویر بر دیوار دانشگاه علیگر تاکید کند و از نقض قانون و خشونت حمایت نکند.
محمد علی جناح ملقب به قائد اعظم نقش مهمی در نزدیکی کنگره هند با حزب مسلم لیگ برای بیرون کردن انگلیس از هندوستان داشت. در سال 1929 جناح در گزارشی به عنوان «گزارش نهرو» بر 14 نکته اساسی درباره حقوق مسلمانان تأکید کرد که بعدها مقدمه‌ای برای تشکیل یک کشور مسلمان شد.
جناح تمام عمر خود را صرف حمایت از حقوق مسلمانان شبه‌قاره کرد و چون مسلط به قانون بود تلاش‌های وی به ثمر نشست و سرانجام توانست کشور پاکستان را تشکیل دهد.
