ایمن الظواهری در پیامی صوتی که مرکز آمریکایی نظارت بر پایگاه های اینترتی تکفیری ها موسوم به سایت ( SITE ) آن را به انگلیسی ترجمه کرده است، بر اولویت حمله به آمریکا و متحدانش تاکید کرد.
سرکرده القاعده، در این پیام به ابوبکر بغدادی حمله کرده و او را به مشارکت در تبلیغات علیه این گروه متهم کرد.
ایمن الظواهری در این پیام، ابوبکر بغدادی را به دروغ پردزای علیه القاعده متهم کرده و گفته است: "او مدعی شده است که ما از محکوم کردن استبداد خودداری کرده و از محمد مرسی (رئیس جمهور اسبق مصر) تمجید کردیم و من از مسیحیان خواسته ام شریک ما باشند."
ایمن الظواهری که بعد از اعلام مرگ اسامه بن لادن از جانب آمریکا در مه 2011، به عنوان جانشین او معرفی شد؛ به اتهام ابوبکر بغدادی مبنی بر اینکه القاعده از جنگ با شیعیان خودداری می کند اعتراض کرد.
وی به عنوان سندی بر اظهارات خود اعلام کرد: "من در یکی از سخنرانی هایم دستور حمله به نیروهای نظامی، پلیس و امنیتی عراق را که بیشتر اعضای آن را شیعیان تشکیل می دهند صادر کردم."
آخرین باری که ایمن الظواهری در رسانه ها ظاهر شد به ژوئیه 2015 بر می گردد. کارشناسان معتقدند او در منطقه مرزی بین پاکستان و افغانستان زندگی می کند.