بسیاری کارشناسان شهری در همان زمان اعتقاد داشتند که محسن هاشمی رفسنجانی با توجه به سوابق کاریش بهترین گزینه برای نشستن بر صندلی شهرداری تهران است اما در نهایت در نخستین جلسه شورای شهر تهرن محمدعلی نجفی با اخذ 21 رأی از سوی اعضای شورای شهر تهران به عنوان شهردار تهران انتخاب شد اما عمر فعالیت نجفی بسیار کوتاه بود و وی در دو نوبت استعفای خود را تقدیم هیئت رئیسه شورای شهر تهران کرد.
با افزایش نارضایتی‌ها از عملکرد محمدعلی نجفی شهردار مستعفی تهران، حزب کارگزاران موافقت خود را با استعفای وی اعلام کرد و حزب اتحاد ملی‌ها مخالف استعفا بودند و خبرسازی گسترده‌ای هم در این باره کردند. در نهایت با بالاگرفتن دعوای دو طیف جلسه‌ای در خانه عبدالله نوری تشکیل شد که خروجی آن موافقت اتحادملی با کناره‌گیری نجفی به شرط عدم خروج محسن هاشمی از شورای شهر بود. در واقع اتحاد ملی تنها در صورتی پذیرفت که نجفی استعفا دهد که کارگزارانی‌ها محسن هاشمی را کاندیدا نکنند.
و در نهایت اعضای شورای شهر تهران با استعفای نجفی موافقت کردند و وی ساختمان بهشت را ترک کرد، با این اتفاق و علی‌رغم توافق حزب اتحاد ملی‌ها با محسن هاشمی رفسنجانی، بار دیگر نام هاشمی برای حضور در شهرداری تهران بر سر زبان‌ها افتاده و البته این بار بسیار جدی‌تر از قبل.
جنگ بر سر حامیان و مخالفان شهرداری محسن هاشمی در دولت و شورای شهر هم جدی‌تر از گذشته شده بود و دولتی‌ها که اسحاق جهانگیری معاون اول رییس‌جمهور آنها را نمایندگی می‌کرد به صراحت خواستار شهردار شدن محسن هاشمی شده بودند و طیف اصلاح‌طلبان تندرو که بخشی از آنها در شورای شهر هستند به مخالفت جدی با هاشمی پرداختند و در نهایت با مخالفت صریح رئیس دولت اصلاحات نام محسن هاشمی حتی در جمع 7 کاندیدای نهایی انتخابات شورا هم نبود.
در ادامه برگزاری جلسات هم‌اندیشی انتخاب شهردار تهران در تاریخ چهارم اردیبهشت 97 اعضای شورای شهر تهران نام 28 گزینه را برای شهرداری تهران اعلام کردند که از مجموع 28 نامزد انتخابی شورا برای تصدی پست شهرداری تهران 8 نفر انصراف داده و از لیست خارج شدند.
محمدعلی افشانی، علی اوسط هاشمی، انصاری لاری، پنجه فولادگران، احمد ترک‌نژاد، مهدی تندگویان، محمود حجتی، سید‌محمود حسینی، محمد حقانی، پیروز حناچی، مصطفی سلیمی، فرشید گلزاده، سمیع‌الله حسینی مکارم، محسن مهرعلیزاده، محمدحسین مقیمی، سیدمناف هاشمی، حجت‌الله میرزایی، سید‌جعفر موسوی، واعظ مهدوی و محسن هاشمی 20 گزینه اعضای شورای شهر تهران برای انتخاب شهردار بودند.
با اعلام نام محسن هاشمی رفسنجانی در بین 20 گزینه شهردار تهران بار دیگر هجمه‌ها علیه پسر آیت‌الله آغاز شد و این بار برخی از اعضای شورای شهر تهران که خروج محسن هاشمی را به ضرر منافع خودشان و حزبشان می‌دیدند بار دیگر فریاد زدند که محسن هاشمی نمی‌تواند از شورا برود چرا که وی میثاق‌نامه‌ای را امضا کرده و براساس آن متعهد شده که از شورا به هیچ عنوان خارج نشود.
اما محمد علیخانی رئیس کمیسیون عمران و حمل و نقل شورای شهر تهران در این‌باره تأکید کرد: محسن هاشمی میثاق نامه را امضا نکرده است.
محمد علیخانی با بیان اینکه تا آنجا که من اطلاع دارم میثاق نامه توسط محسن هاشمی امضا نشده است، گفت: اما متعهدترین فرد به این میثاق نامه، محسن هاشمی است که می‌گوید اگر جمع به حضور من رأی دهند در انتخابات شهرداری به عنوان کاندیدای شهرداری برنامه ارائه می‌کنم و اگر نه به نظر جمع احترام می‌گذارم.
وی ادامه داد: من میثاق نامه را امضا کرده‌ام و به آن پایبندم اما میثاق نامه چیزی جز توافق اعضای شورا نیست و می‌توان به توافق جدیدی رسید.
اما باز هم اعضای شورای شهر تهران به خروج هاشمی رأی نداند که تا بار دیگر وی نتواند بر صندلی شهرداری تکیه بزند و در نهایت سیدمحمدعلی افشانی، محمد ابراهیم انصاری لاری، محمود حجتی، سمیع‌الله حسینی مکارم، سید محمود حسینی، پیروز حناچی، حجت‌الله میرزایی 7 نامزدی بودند که در جلسه هم‌اندیشی اعضای شورای شهر تهران برای رقابت و ارائه برنامه برای حضور در شهرداری تهران انتخاب شدند که البته در ادامه نیز ابراهیم انصاری لاری، محمد حجتی و حجت‌الله میرزایی از این رقابت انصراف دادند.
با انصراف نامزدهای اشاره شده رقابت بین سایر نامزدها انجام و در نهایت سیدمحمدعلی افشانی و سمیع‌الله حسینی مکارم دو گزینه نهایی شهرداری تهران انتخاب شدند که در مرحله پایانی نیز سیدمحمد علی افشانی با کسب 19 رأی از 21 رأی اخذ شده به عنوان شهردار تهران انتخاب شد.
اما با قطعی شدن رفتن سیدمحمدعلی افشانی شهردار فعلی تهران به دلیل قانون منع بکارگیری بازنشستگان باردیگر نام محسن هاشمی رفسنجانی برای حضور در شهرداری تهران مطرح شده و این بار محسن هاشمی خود برای حضور در شهرداری تهران و نشستن بر صندلی شهردار تهران پیش قدم شده است.
بر همین اساس محسن هاشمی در تاریخ 18 مهر از آمادگی‌اش برای شهردار تهران شدن تأکید کرد و گفت: بخشی از اصلاح‌طلبان فکر می‌کنند شهردار شدنم باعث از هم‌پاشیدگی شورای شهر می‌شود اما برای ریاست شورا جایگزین هست.
اما این پایان کار نبود و با رسانه‌ای شدن صحبت‌های محسن هاشمی، باردیگر همجه بر وی شروع شد تا جایی که وی در کانال تلگرامیش نوشت: در توییتر حضور ندارم. پیرو انتشار توییتی منتسب به محسن هاشمی در فضای مجازی و تفسیر آن به اعلام آمادگی برای شهرداری تهران، رییس شورای شهر در پاسخ به خبرنگار روزنامه جوان گفت: در صفحه‌ای که در توییتر به نامم است، فردی به صورت خودجوش بخش‌هایی از مصاحبه‌ها یا سخنرانی‌هایم را منتشر می‌کند و درباره این توییت، ممکن است چون سوال مصاحبه کننده و بخشی از پاسخ حذف شده، این برداشت به وجود آمده باشد.
اما با مروری بر مصاحبه‌های قبلی محسن هاشمی رفسجانی در طی ماه‌های گذشته نمی‌توان این موضوع را کتمان کرد که وی تمایل برای حضور در شهرداری را دارد چرا که وی بارها به شوخی و خنده از آمادگی‌اش برای حضور در شهرداری تهران خبر داده است اما مطمناً باز هم گروه‌های سیاسی مانع خروج وی خواهند شد که البته آنها هم دلایل خود را دارند.
حضور محسن هاشمی رفسنجانی در شهرداری تهران این فرصت را برای وی فراهم خواهد کرد تا وی در مسیر پاستور قرار گیرد که این اتفاق به مذاق برخی از احزاب سیاسی در شورای شهر تهران خوش نمی‌آید چرا که آنها می‌دانند با فراهم کردن این شرایط و خروج محسن هاشمی از شورای شهر تهران دوباره ممکن است فردی از کارگزاران در صورت تأیید از سوی مراجع ذیصلاح بتواند کاندیدای ریاست جمهوری و چه بسا رئیس‌جمهور شود و این چیزی است که اصلاح‌طلبان را خوش نمی‌آید.
