مرتضی نبوی در مورد تشکیل دادگاه ویژه روحانیت گفت: البته در کنار این دستگاه‌ها و ساختار قضایی، به تشخیص حضرت امام (ره) نهاد‌های دیگری نیز با کارکرد قضایی همچون دادگاه ویژه روحانیت تشکیل شد که این نهاد‌ها به تدریج قاعده‌مند شدند. هدف حضرت امام (ره) از تشکیل دادگاه ویژه روحانیت این بود که ممکن است
دادگاه‌های عادی در محاکمه یک روحانی متخلف تحفظ کنند، بنابراین لازم است دادگاهی مخصوص به امور روحانیون بپردازد. یا مثلا دادگاه‌های نظامی که در رژیم طاغوت اختیارات وسیعی داشت و بسیاری از سیاسیون در آن محاکمه می‌شدند پس از انقلاب رویه‌اش تغییر کرد و صرفا مختص رسیدگی به تخلفات و جرائم نظامیان شد.
علی‌ایحال نظام قضایی کشور پس از انقلاب دوره‌های کوتاه مدتی را گذراند تا اینکه حضرت امام (ره) فرمان دادند که ساختار و کارکرد و احکام همه نهاد‌ها از جمله نظام قضایی کاملا منطبق با موازین اسلامی شود و اینچنین نیز شد.
