در بخشنامه او آمده است که پیرو تصمیم‌های اتخاذشده در جلسه روز شنبه 6 آبان ماه با رئیس‌جمهور ، مقرر شد اهمیت و حفظ محیط‌زیست در کانون توجه و برنامه‌ها قرار گیرد و بر چهار سیاست اصلی محیط زیست در چهار سال آتی تأکید شد.
کاهش قابل‌ملاحظه معضل آلودگی هوا و حرکت به سمت شرایط متعارف زیست‌محیطی در کلانشهرها تا پایان دولت دوازدهم، شناسایی کانون‌های داخلی ریزگردها به‌عنوان یکی از مخلوقات توسعه ناپایدار و مهار و تثبیت آن به نحو مقتضی، ساماندهی وضعیت پسماند در کلانشهرها و شهرهای اولویت‌دار مناطق شمالی و پاک‌سازی این مناطق، تخصیص و تأمین حقابه های زیست‌محیطی تالاب‌ها، دریاچه‌ها و رودخانه‌های کشور به نحو معقول؛ چهار سیاست ابلاغی رییس سازمان حفاظت محیط‌زیست هستند.
هرچند توجه به معضل آلودگی هوا به‌عنوان محسوس‌ترین معضل زیست‌محیطی کشور نه مهم‌ترینشان از سوی کلانتری قابل‌تقدیر است اما آن‌طور که به نظر می‌رسد رئیس سازمان محیط زیست همچنان بدون کمک گرفتن از مشاوران و کارشناسان ارشد محیط زیست برای شناسایی معضلات اصلی و وظایف سازمان محیط زیست به راه خود ادامه می‌دهد.
عیسی کلانتری پس از اظهارنظرهای شگفت‌آور درباره سلامت محصولات تراریخته، عدم لزوم حفاظت از یوز ایرانی، روش جدید حفاظت از جنگل‌های هیرکانی و ... با اولویت قرار دادن معضل مدیریت منابع آبی و اشتباه گرفتن سازمان محیط زیست با وزارت نیرو برای تنظیم و ابلاغ سیاست‌های زیست‌محیطی چهارساله دولت حتی به پرتال این سازمان هم سری نزده است تا اهداف و وظایف این سازمان را در حکومت بررسی کند.
آن‌چنان‌که در پرتال رسمی سازمان حفاظت محیط زیست آمده است، نخستین وظیفه این سازمان، حفاظت از اکوسیستم‌های طبیعی کشور و ترمیم اثرات سوء گذشته در محیط زیست عنوان‌شده است. موضوعی که از سوی رئیس جدید این سازمان به‌طورکلی نادیده گرفته‌شده است؛ علاوه بر این پیشگیری و ممانعت از تخریب و آلودگی محیط زیست، ارزیابی ظرفیت قابل‌تحمل محیط در جهت بهره‌وری معقول و مستمر از منابع محیط زیست و نظارت مستمر بر بهره‌برداری از منابع محیط زیست از وظایف اصلی سازمان محیط زیست است.
امروز علاوه بر آلودگی هوا، فرسایش و آلودگی خاک و رودخانه های کشور، حفاظت از گونه های در معرض انقراض از وظایف اصلی این سازمان است.
پرداختن به حل معضل ریزگردها از وظایف سازمان جنگل ها، مراتع و آبخیزداری کشور هم هست و در حل آلودگی کلانشهرها چندین دستگاه وظایفی بر عهده دارد، حل معضل پسماندها از وظایف شهرداری ها و شرکت های آب و فاضلاب و در نهایت وزارت نیرو است در این موضوعات نقش سازمان محیط زیست بیشتر نظارتی است اما از وظایف سازمانی محیط زیست، حفظ حیات وحش و اکوسیستم های کشور است که در سیاست های ابلاغی دیده نشده است.
