عیسی کلانتری در بخشنامه‌ای خطاب به معاونان و مدیران ستادی و استانی، چهار سیاست اصلی این سازمان در چهار سال فعالیت دولت دوازدهم را ابلاغ کرد.
در بخشنامه عیسی کلانتری آمده است که پیرو تصمیمهای اتخاذ شده در جلسه روز شنبه 6 آبان ماه با رئیس جمهور، مقرر شد اهمیت و حفظ محیط زیست در کانون توجه و برنامه‌ها قرار گیرد و بر چهار سیاست اصلی محیط زیست در چهار سال آتی تاکید شد.
کاهش قابل ملاحظه معضل آلودگی هوا و حرکت به سمت شرایط متعارف زیست محیطی در کلانشهرها تا پایان دولت دوازدهم، شناسایی کانونهای داخلی ریزگردها به عنوان یکی از مخلوقات توسعه ناپایدار و مهار و تثبیت آن به نحو مقتضی، ساماندهی وضعیت پسماند در کلانشهرها و شهرهای اولویت دار مناطق شمالی و پاکسازی این مناطق، تخصیص و تامین حقابه‌های زیست محیطی تالاب ها، دریاچه‌ها و رودخانه‌های کشور به نحو معقول؛ چهار سیاست ابلاغی رئیس سازمان حفاظت محیط زیست هستند.
