ثبت نام دانش آموزان پایه اول ابتدایی در مدارس شاهد از تاریخ سوم خرداد آغاز شده و تا پانزدهم خرداد ادامه خواهد داشت.
طبق ضوابط و شرایط ثبت نام برای مدارس شاهد برای سال تحصیلی 96 - 97، ثبت نام و پذیرش دانش آموزان شاهد و غیرشاهد در پایه‌های ورودی دوره‌های ابتدایی، متوسطه اول و دوم فقط از سامانه سجا به نشانی www.saja.medu.ir انجام می‌شود.
لازم است متقاضیان کد ملی، نام و نام خانوادگی و نام آموزشگاه را ثبت کنند و در پایان ثبت نام اینترنتی کد رهگیری را دریافت و از اطلاعات خود یک نسخه پرینت تهیه کنند.
ترکیب دانش‌آموزان مدارس شاهد شامل دانش‌آموزان شاهد و غیر شاهد است که دانش‌آموزان شاهد فرزندان شهدا، آزادگان و جانبازان 50 درصد و بالاتر هستند که ثبت‌نام آنها در مدارس شاهد پس از ثبت اطلاعات در سامانه سجا در موعد مقرر و با ارائه مدارک توسط خانواده به مدرسه به صورت قطعی انجام می‌شود.
دانش‌آموزان غیرشاهد، دانش‌آموزانی با اولویت ایثارگری و سایر اولویت‌ها هستند، ثبت نام این دانش‌آموزان در دو مرحله ثبت‌نام موقت و ثبت‌نام قطعی به شیوه امتیاز بندی از طریق سامانه سجا انجام می‌شود و ثبت‌نام قطعی منوط به کسب امتیاز لازم و احراز سایر شرایط مندرج در شیوه‌نامه ثبت‌نام مدارس شاهد است.
طبق دستورالعمل ثبت‌نام امتیازات دانش‌آموزان در مدارس شاهد بدین شرح است:
امتیاز خواهر و برادر شهید و جانباز 70 درصد و بالاتر هر مورد 50 امتیاز.
امتیاز فرزند رزمنده جبهه مقاومت (مدافعین حرم) هر ماه 30 امتیاز
و در صورت جانبازی و یا شهادت رزمندگان جبهه مقاومت تا زمانی که تحت پوشش بنیاد شهید قرار نگرفته‌اند فرزندشان با گواهی صادره از سوی ایثارگران سپاه ثبت‌نام قطعی خواهد شد.
شهریه مدارس شاهد نیز بدین شرح است:
دوره ابتدایی حداقل 380 هزار تومان و حداکثر 580 هزار تومان، دوره متوسطه اول حداقل 440 هزار و حداکثر 660 هزار تومان و دوره متوسطه دوم حداقل 530 هزار و حداکثر 860 هزار تومان است.
