هیئت وزیران در تاریخ 23 خرداد سال 91 پس از آنکه شورای نگهبان، مواد 12 و 32 آئین‌نامه اجرایی قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه را خلاف شرع شناخت، آئین‌نامه اجرایی اصلاحی را تصویب کرد که در متن جایگزین ماده 12 آمده است: در موقوفاتی که عرصه و اعیان آنها وقف است، اعطای حق تملک اعیان به مستأجر ممـنوع است. در موارد استـثنایی، تملک اعیان مسـتحدثه به وسیله مستأجر در قبال پرداخت پذیره با رعایت قوانین و مقررات مربوط و با پیشـنهاد متولـی و ادارات اوقاف و امور خـیریه و تأیید نماینـده ولی فقیه و سرپرست سازمان مجاز است و این موضوع در مورد باغهای موقوفه و همچنین در مورد موقوفات خاص نیز جاری است.
در متن جایگزین ماده 32 آئین نامه اجرایی قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه نیز آمده است: ادارات اوقاف و امور خیریه (در موقوفات متصرفی) و همچنین متولیان موقوفات عام و خاص (در موقوفات تحت تولیت خود) به منظور رعایت غبطه و مصلحت وقف و رفع مظنه تعدی و تفریط، موارد زیر را با رعایت قوانین و مقررات مربوط و با اطلاع و تأیید نماینده ولی فقیه در سازمان، انجام خواهند داد: 1ـ فروش رقبات موقوفه و نحوه تبدیل آنها با رعایت موازین شرعی و قانونی. 2ـ اجاره بیش از ده سال 3ـ ترک مزایده در مورد اجاره رقبات مشمول مزایده 4ـ صلح و استرداد دعاوی موقوفه 5 ـ ارجاع اختلاف به داوری و انتخاب داور یا داوران 6 ـ نصب و عزل امنای موقوفات و بقاع متبرکه.
پس از تصویب آئین‌نامه اصلاحی، سه تن از شاکیان خصوصی با ارائه دادخواستی به دیوان عدالت اداری، مصوبه جدید دولت را در راستای همان مصوبه قبلی دانستند و خواستار ابطال مواد 12 و 32 این آئین‌نامه شدند.
دیوان عدالت اداری پس از تبادل لایحه بین طرفین دعوا و استماع دفاعیات معاونت حقوقی ریاست جمهوری و سازمان اوقاف و امور خیریه، شکایت شکات را به شورای نگهبان ارسال کرد تا نظر فقهای این شورا را جویا شود.
در پاسخ به استعلام دیوان عدالت اداری، موضوع در جلسه مورخ سوم مهر سال 92 فقهای شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت که فقهای شورای نگهبان اعلام کردند اطلاق اصلاحیه مواد 12 و 32 آئین‌نامه قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه مصوب هفتم خرداد سال 91 از این جهت که اختیارات متولی خاص که امین باشد را مشروط به تأیید نماینده ولی فقیه در سازمان کرده، خلاف موازین شرع است.
در نهایت، در خصوص تقاضای ابطال مواد 12 و 32 آئین‌نامه اصلاحی اجرایی قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه، جلسه هیئت عمومی دیوان عدالت اداری در تاریخ 17 اسفند سال 95 با حضور رئیس، معاونین، روسا، مستشاران و دادرسان شعب برگزار شد و مبادرت به صدور رأی کرد.
در رأی هیئت عمومی دیوان عدالت اداری آمده است: نظر به اینکه مطابق تبصره 2 ماده 84 و 87 قانون تشکیلات و آئین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال 92، نظر فقهای شورای نگهبانه برای هیئت عمومی لازم‌الاتباع اعلام شده و قائم مقام دبیر شورای نگهبان به موجب نامه شماره 51859/30 مورخ هشتم مهر سال 92 اعلام کرده است:« اطلاق اصلاحیه مواد اطلاق اصلاحیه مواد 12 و 32 آئین‌نامه قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه مصوب هفتم خرداد سال 91 از این جهت که اختیارات متولی خاص که امین باشد را مشروط به تأیید نماینده ولی فقیه در سازمان کرده، خلاف موازین شرع شناخته شد.» بنابراین در اجرای احکام قانونی فوق‌الذکر مستند به بند یک ماده 12 و مواد 88 و 13 قانون تشکیلات و آئین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال 92، حکم بر ابطال اطلاق مواد 12 و 32 از آئین‌نامه قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه در حد نظر فقهای شورای نگهبان از تاریخ تصویب صادر می‌شود و با توجه به ابطال اطلاق مصوبه از بُعد شرعی، موجبی برای رسیدگی به درخواست مغایرت مواد آئین‌نامه با قانون وجود ندارد.»
