نام نیوتن با انقلاب علمی در اروپا و ارتقای نظریهٔ خورشید-مرکزی پیوند خورده است. او نخستین کسی است که قواعد طبیعی حاکم بر گردشهای زمینی و آسمانی را کشف کرد.
هرچند نیوتن بیشتر به خاطر آثار علمی شهرت دارد امّا تعدادی از رساله‌های وی در مورد تفسیر کتاب مقدس شهرت دارند.
وی خود را از معدود افراد زمان می‌دانست که توسط خدا برای تفسیر کتاب مقدس برگزیده شده بودند.
وی مانند بسیاری دیگر از معاصران هموطنش از ستایندگان آثار جوزف مید بود. نیوتن تأکید زیادی بر تفسیر مکاشفه یوحنا داشت و یادداشت‌های فراوانی در مورد این بخش از انجیل دارد. وی به تثلیث اعتقاد نداشت.
او نیمی از عمر خود را به کیمیاگری و کارهای خودسرانهٔ مذهبی گذراند و سال‌های متمادی را به مطالعهٔ نقشهٔ طبقهٔ همکف معبد گمشدهٔ سلیمان در بیت‌المقدس می‌گذراند (و زبان عبری را هم بدین منظور فرا گرفت) تا سرنخ‌های ریاضی لازم برای پیدا کردن تاریخ دومین بازگشت مسیح و پایان جهان را در آن پیدا کند.
