«نور چشم امام»، «بازوی نهضت»، «خمینی دوم» و چندین عبارت دیگر در خصوص سید مصطفی خمینی را هم که در نظر بگیریم، باز هم به جرات می توان گفت عظمت و جایگاه کمتر شخصیتی چون ایشان در تاریخ‌نگاری معاصر مغفول مانده است. البته شاید لفظ مظلوم برای ایشان همساز حقیقت نباشد؛ چه آنکه این در سایه بودنِ در قیاس با سترگی روح، مختار خود او و مطلوب پدر بوده است.
رئیس جمهور کشورمان گفت: حاج آقا مصطفی تنها فرزند امام نبودند و جایگاه ویژه و ممتازی در انقلاب داشتند.
حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی صبح امروز (یکشنبه) در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
مبارز دوران پهلوی دوم گفت: رئیس ساواک تهران با لباس تمام رسمی و ماشین شیک آمد و مرا صدا زد. رفتم و سوار ماشین شدم، به اتفاق رفتیم به همان منزلی که امام در قیطریه تحت نظر بود. سجاده امام باز بود و نماز عید فطر را خوانده بودند.
پایگاه اطلاع رسانی و خبری جماران عکسی دیده نشده از آیت الله شهید سید مصطفی خمینی را برای علاقمندان امام خمینی و خاندان او منتشر کرده است. این عکس که متعلق به دهه ۱۳۳۰ است، در قم گرفته شده است.