قرعه‌کشی مرحله نیمه‌نهایی مسابقات جام حذفی ، 98-99 از ساعت 15 در محل سازمان لیگ برگزار شد.
در این مرحله تیم‌های استقلال ، پرسپولیس ، تراکتور و نفت مسجد سلیمان حضور دارند.
استقلال با شکست سپاهان به این مرحله رسید،پرسپولیس شهرداری ماهشهر را شکست داده بود،تراکتور از مس کرمان عبور کرد و نفت مسجد سلیمان با پیروزی مقابل شاهین بوشهر به این مرحله رسید.
با قرعه‌کشی صورت گرفته رویارویی تیم‌ها به شرح زیر است:
تراکتور- نفت مسجد سلیمان (در این بازی تراکتور میزبان است)
پرسپولیس - استقلال ( در این بازی سرخپوشان میزبان هستند)
مرحله نیمه‌نهایی جام حذفی روزهای 4 و 5 شهریور برگزار خواهد شد.
