از قبل از جام جهانی مشخص شد اتوبان حمایت شفر از کی‌روش بیشتر یک‌طرفه است. بعد از حمایت چند باره کی‌روش وقتی وریا غفوری از تیم ملی خط خورد، کارلوس توپ را به زمین شفر انداخت و گفت چون این مربی از او در پست وینگر استفاده کرده، به همین خاطر نمی‌توانسته همراه تیم بیاید. وقتی شفر گفته بود از خط خوردن این بازیکن سورپرایز شده کی‌روش این‌طور پاسخش را داد: «نمی‌دانم چگونه شفر از عدم دعوت وریا غفوری به تیم ملی سورپرایز شده است. وقتی در تیم خودش اعتقادی ندارد که در دفاع راست از وریا استفاده کند و پست او را تغییر می‌دهد چگونه سورپرایز می‌شود.» کی‌روش درباره خط خوردن سیدحسین حسینی هم گفت: «دروازه‌بان استقلال ۸۷۳ دقیقه گل نخورد، خب وقتی چنین رکوردی زده بود و کلین‌شیت‌های خودش را حفظ کرد، به یک‌باره با تصمیم سرمربی استقلال دیگر برای این تیم بازی نکرد که خود من هم شوکه شدم.»
شفر هر چند پاسخ ملایمی به کارلوس کی‌روش داد، اما این تنها ظاهر قضیه بود چراکه پشت پرده او شدیداً از سرمربی تیم ملی دل‌خور است و هیچ بعید نیست خیلی زود علیه او مصاحبه‌ای انجام دهد. شفر در محفلی دوستانه از این گفته که رفتار کارلوس در مواجهه با او به اندازه‌ای که خودش به سرمربی تیم ملی احترام میگذارد، محترمانه نبوده است. شفر گفته همیشه حامی تیم ملی بوده و حتی برای تماشای بازی‌ها به ورزشگاه رفته ولی کی‌روش مقابل او خودخواهانه عمل کرده. شفر حتی وقتی بعد از جام جهانی شایعاتی درباره اتمام همکاری کی‌روش و ایران شنید، سریعاً واکنش نشان داد و گفت: «قرارداد او باید تمدید شود.» در این شرایط شفر توقع داشت نگاه کی‌روش به او مثبت‌تر باشد. در ماجرای اختلاف بر سر لیگ قهرمانان هم مربی آلمانی به پک رفت و با کارلوس ملاقات کرد، این در حالی است که مثلاً برانکو اصلاً پیش‌قدم نشد ولی شفر خودش دست به چنین کاری زد. دل‌خوری او از کی‌روش به حدی جدی است که نزدیکان استقلال می‌گویند مثل آتش زیر خاکستر است و یک روز شعله‌ور خواهد شد. منتقدان کی‌روش می‌گویند او در دو سال گذشته خیلی از موافقانش را از دست داده و حالا کمتر کسی است که از این مربی حمایت کند. شفر هم جزو همان دسته از مربیانی بود که از سال گذشته و به محض ورود به ایران از کارلوس حمایت کرد ولی بعید به نظر می‌رسد اگر در آینده اتفاقی رخ دهد دیگر پشت سرمربی تیم ملی باشد.
