درباره علت نام‌گذاری مسجد شجره به معنای درخت، به بستن احرام و اقامه نماز توسط رسول مکرم اسلام زیر درختی به نام «سَمَره» واقع در این محل اشاره شده است. این مسجد یکی از میقات‎ها می‌باشد و کسانی که قصد ورود به مکّه و بیت الله الحرام را دارند چه ساکن و چه مسافر باشند، بدون بستن احرام در میقات حق ورود به این شهر را ندارند و در ایام حج ابراهیمی نیز زائران سرزمین وحی که از مدینه منوره عازم مکه مکرمه هستند و قصد انجام عمره مفرده و یا عمره تمتع دارند، در این مسجد مُحرم می‌شوند.
از نام‎های دیگر آن به مسجد الاحرام، مسجد ذوالحلیفه، مسجد المیقات و مسجد آبار علی یا مسجد چاه‌های علی(ع) نیز نام برده می‎شود.