برخی موانع اجازه نداد جریان اصلاح‌طلب به اهداف خود دست پیدا کند.
نخستین آفت جریان اصلاحات عدم توجه به نیازهای اساسی جامعه بود یعنی شعار این جریان «تقدم آزادی بر نان» مطرح شد اما این شعار تنها در برهه انتخاباتی پاسخگو است و پس از آن، ساده‌انگاری است که از جماعتی درگیر تامین معاش انتظار حمایت سیاسی داشت. حجاریان معتقد است که «رئیس دولت اصلاحات وعده دگرگونی اقتصاد را نداد و از توسعه سیاسی سخن گفت و مردم نیز وعده‌های سیاسی او را خریدند و دریافتند مادامی که مسئله سیاست رفع نشود، دغدغه نان برطرف نمی‌شود» اما تجربه نشان داده که برای بخش بزرگی از جامعه ایرانی تامین معیشت از اهمیتی فراتر از توسعه سیاسی برخوردار است.
مشکل دیگر جریان اصلاحات که نه در ابتدای تشکیل بلکه بعدتر به آن دچار شد، انحصارطلبی سیاسی بود یعنی با قوت گرفتن جریان اصلاحات طیف‌های مختلفی در درون آن متولد شدند که هرکدام خواسته و گرایش خاص خود را داشتند و البته تاکید آنها هم بر این بود که نظر آنها از سوی دیگر طیف‌ها پذیرفته و اجرا شود که همین موضوع سبب برخی گلایه‌ها در جریان اصلاحات شده است. همچنین برخی که در ابتدای شکل‌گیری جریان اصلاحات حضور نداشتند پس از مشاهده محبوبیت آن، خود را داعیه‌دار اصلی معرفی کردند. همچنین در مواقعی که احزاب اصلاح‌طلب باید برای پیروزی بر رقیب به برنامه‌ریزی می‌پرداختند، در اندیشه حذف حزب دیگری از جریان خود بودند تا شاید سهم بیشتری در لیست‌های انتخاباتی به آنها برسد.
