قرمزها از گذشته مالیات قرارداد این مربی را نداده‌اند و رقم به صورت تصاعدی افزایش پیدا کرده است. باشگاه حالا موظف است بالای سه میلیارد به اداره مالیات پرداخت کند ولی سر این مسئله با دایی اختلاف دارد. چهره محبوب فوتبال ایران در یکی از برنامه‌های 90 روی خط رفت و مدیران سابق باشگاه را متهم به دروغگویی کرد. دایی گفت در حالی که می‌توانستند با 100 میلیون ماجرا را ختم به خیر کنند، این‌قدر به درخواست‌های او بی‌توجهی کردند که حالا برایش مالیات سنگینی بسته شده. او حتی به خاطر عدم پرداخت آن از سوی باشگاه پرسپولیس با مشکلاتی روبه‌رو شد، از جمله اینکه حساب‌هایش مسدود و ماشین‌هایش توقیف شدند. دایی سال گذشته مصاحبه‌ای انجام داد و در آن گفت: «همیشه گفته‌ام آقایان شاغل در باشگاه پرسپولیس برای خودشان ارزش قائل نمی‌شوند نه اینکه فکر کنند برای من ارزش قائل نشدند. آنها در دو سال جواب ١٣ نامه ما را ندادند. آنها جواب اداره مالیات را هم ندادند و باعث شدند حسابم مسدود شده و اتومبیل‌هایم توقیف شوند.» بعد از برکناری طاهری و حضور گرشاسبی هم این مشکل به خاطر دغدغه‌های مالی باشگاه برطرف نشد. دایی در داخل کشور پیگیری‌های زیادی داشت ولی به نتیجه نرسید تا اینکه ترجیح داد مستقیماً با مسئولان کنفدراسیون فوتبال آسیا دیدار و گفت‌و‌گو کند. اخیراً این فرصت دست داد. دایی که به مراسم قرعه‌کشی جام‌ملت‌ها رفته بود توانست با ماهاجان واسودوان رئیس کمیته حرفه‌ای‌سازی دیدار کند. دایی رو به این مسئول هندی گفت مالیاتش را نداده‌اند و برای او مشکلات زیادی به وجود آمده است. دایی تأکید کرد اگر باشگاه پرسپولیس به آنها اعلام کرده مشکلش حل شده، این مسئله صحت ندارد و می‌تواند اسناد لازم را هم در اختیارشان قرار دهد. ماهاجان هم به دایی گفت قرار است به زودی به ایران سفر کند و خود در روند بررسی اسناد مالی باشگاه‌ها باشد. در حال حاضر او به ایران سفر کرده و پرونده علی دایی را در اولویت رسیدگی قرار داده است. باشگاه پرسپولیس تلاش کرد تا اسنادی در این زمینه ارائه دهد ولی موفق نبوده است. این باشگاه تنها به آن دلیل مجوز حرفه‌ای گرفت که به کنفدراسیون فوتبال آسیا گفته بود تمام بدهی‌های خود را پرداخت کرده است و به همین دلیل صحبت‌های دایی می‌تواند برای آنها دردسر عظیمی به وجود بیاورد.
