از منظر نخست سه سطح را به دشواری می‌توان تفکیک کرد که در آن، مصطفی خمینی به مثابه یک انقلابی پویا، مدیر میانی انقلاب و بازوی اجرایی امام خمینی و نیز استراتژیست نهضت نقش‌آفرین است. منظر دوم، مقاطع آغاز تا 15 خرداد 42، 15 خرداد تا تبعید به ترکیه، ترکیه و نهایتا مقطع دوازده ساله نجف را شامل می‌شود. از منظر تمام نظریه‌پردازان انقلاب رهبری، یکی از ارکان سه یا چهارگانه هر انقلاب است. نقش استراتژیک آیت‌الله مصطفی خمینی در این بخش به خوبی هویداست. با نگاهی موسع به کلمه "رهبری" ایشان را می‌توان یکی از راهبران نهضت پس از امام دانست.
محمدعلی صدرشیرازی؛ «نور چشم امام»، «بازوی نهضت»، «خمینی دوم» و چندین عبارت دیگر در خصوص سید مصطفی خمینی را هم که در نظر بگیریم، باز هم به جرات می توان گفت عظمت و جایگاه کمتر شخصیتی چون ایشان در تاریخ‌نگاری معاصر مغفول مانده است. البته شاید لفظ مظلوم برای ایشان همساز حقیقت نباشد؛ چه آنکه این در سایه بودنِ در قیاس با سترگی روح، مختار خود او و مطلوب پدر بوده است.
ناشناخته بودن ابعاد تاثیر شهید مصطفی خمینی در سازماندهی مبارزات نهضت اسلامی اثر گرفته از عواملی مشخص است که به آن خواهیم پرداخت اما فارغ از هر علتی، غفلت از این شناخت، موجب زایش حلقه‌ای مفقوده در تاریخ‌نگاری معاصر است و از سویی مجال را برای برخی که به دنبال سهم‌خواهی از انقلابند فراهم می‌سازد تا با برجسته‌سازی افراطی نقش خود، حلقات فوق را به تحریف، جبران کنند.
مصطفی، اولین فرزند امام خمینی(ره) در ۲۱ آذر ۱۳۰۹ش در قم متولد شد. دوران دبستان را تا پنجم ابتدایی در مدرسه «باقریه» و «سنایی» به تحصیل پرداخت. در ۱۴سالگی به تحصیل دروس دینی مشغول شد. نبوغ او از همان ابتدا مجال ظهور یافت و طی مدت دو سال و چند ماه کتاب‌های سیوطی، حاشیه ملاعبدالله، معالم‌الاصول، شمسیه، مطول و بخشی از لمعه را به پایان رساند. در ۲۱ سالگی در درس خارج آیات عظام بروجردی، سیدمحمد داماد و سیدمحمد حجت کوه‌کمری حضور یافت و نزدیک به سیزده سال فقه و اصول را نزد پدر بزرگوارش آموخت. آیت‌الله مصطفی خمینی تنها 27 سال داشت که از امام خمینی، مرجع شیعیان اجازه اجتهاد گرفت. وی در این مقام باقی نماند و از علما و فیلسوفان مطرح و مدرسان خاص و بنام حوزه شد. از ایشان چندین کتاب ارزشمند بجای مانده است.
سیدمصطفی پیش از آغاز نهضت اسلامی فعالیت‌های سیاسی خود را آغاز کرد. با نواب صفوی آشنا بود و در جلسات فدائیان شرکت می‌کرد و با واحدی ارتباط نزدیکی داشت. اما اوج‌گیری مبارزات امام خمینی در اوان دهه چهل آغاز خروش مصطفی علیه رژیم بود؛ زیرا علاوه بر مبارزات سال 41، در جریان حماسه مردمی 15 خرداد 42 و نیز واکنش به دستگیری امام بعد از سخنرانی تاریخی علیه کاپیتولاسیون، نقش محوری و پویا داشت. رژیم پهلوی پس از چندبار بازداشت و تهدید وقتی دید وجود مصطفی در ایران به معنای ضرورت تحمل خمینی دومی در کشور است او را به امام خمینی ملحق کرد؛ البته این اقدام رژیم زمینه‌ساز خدمات بی‌بدیل ایشان به نهضت خروشان اسلامی مردم ایران شد.
بر همین اساس واکاوی تلاش‌های آیت‌الله مصطفی خمینی در جریان نهضت اسلامی در چه لایه‌ها و ابعادی بر اساس اسناد بازمانده از ساواک، تحلیل‌ها و داده‌های کتابخانه‌ای و تاریخ شفاهی مبارزات ایشان را از زبان کنشگران نهضت اسلامی می‌تواند ابعاد جدیدی از مبارزات و خط و مشی ایشان را نمایان سازد. بطور قطع نقش آیت‌الله مصطفی خمینی، محدود به بازوی اجرایی صرف نبوده و در چند لایه روبنایی، میانی و راهبردی(به مثابه سازمان‌بخش نهضت) قابل طبقه‌بندی است.
حیات سیاسی آیت‌الله مصطفی خمینی از زوایای مختلفی قابل فصل‌بندی است که دو منظر سطوح مبارزه و نیز تقسیم‌بندی تاریخی-مکانی موضوع نوشتار حاضر است. از منظر نخست سه سطح را به دشواری می‌توان تفکیک کرد که در آن، مصطفی خمینی به مثابه یک انقلابی پویا، مدیر میانی انقلاب و بازوی اجرایی امام خمینی و نیز استراتژیست نهضت نقش‌آفرین است.
منظر دوم، مقاطع آغاز تا 15 خرداد 42، 15 خرداد تا تبعید به ترکیه و نهایتا مقطع دوازده ساله نجف را شامل می‌شود.
1. از محضر نواب تا دستگیری امام
مصطفی خمینی سال‌ها قبل از شروع نهضت امام خمینی(ره) به جمعیت فدائیان اسلام گرایش داشت. وی درباره این جمعیت می‌گوید: «جمعیتی در ایران معروف بودند به فداییان اسلام؛ رئیس آنها مردی بود به نام نواب صفوی(مجتبی) که واقعا دلیر و توانا و از روی احساس، سنگ اسلام را به سینه می‌زد و نمی‌توان او را دور از حقیقت دانست. مرد شماره دو آنها دوست عزیز خودم شهید عبدالحسین واحدی بود... این‌ها به دست پسر رضاخان جلب شدند و با سکوت مرگبار علما، آنها را تیرباران کردند، گرچه دوست من عبدالحسین را در جای دیگر از بین بردند و داغش را بر دل ما گذاشتند.»
پس از وفات آیت‌الله بروجردی در سال 40 حضرت امام خمینی با عتابه خود به محمدرضا و رژیم فصلی نو گشودند و نخستین جرقه‌های نهضت اسلامی در مخالفت ایشان با اصلاحات عوام فریبانه پهلوی در سال 41 آغاز شد که به نوعی همین مقطع، آغازگر ورود مصطفی به مبارزات بود. به هر روی با توجه به اینکه تا پیش از خرداد سال 42 نهضت اسلامی درحال شکل‌گیری اولیه و نامنسجم بود، مقطع نخست مبارزات آیت‌الله مصطفی خمینی از آغاز تا خرداد 42 را می‌توان در قالب حضور ایشان به عنوان سمپات جریانات سیاسی انقلابی در مقطع نوجوانی و نیز در قالب یک انقلابی پویا در سال 41 و البته در گروه‌های محرمانه مبارزاتی کوچک به عنوان مدیر بررسی کرد. از جمله فعالیت‌های وی در این مقطع را از گزارش ساواک می‌خوانیم: «تعدادی نوار ضبط صوت که سخنرانی‌های آقای خمینی روی آن ضبط شده با خود به عراق برده و در نجف و کربلا به وسیله بلندگو آن را پخش نموده»
ضمن آنکه نباید فراموش کرد که قاطبه سال‌های فوق به فعالیت‌های پرمغز علمی و تعالی کم‌بدیل ایشان گذشت و باعث شد ایشان به عنوان یکی از محورهای قابل اتکا در نهضت اسلامی شناخته شود.
2. از پانزده خرداد 42 تا تبعید به ترکیه
برخی مقاطع از تاریخ نهضت اسلامی با اسم یک شخص عجین شده است. در این میان می‌توان گفت ساعات و روزهای پس از آن و در نبود پدر، از منظر مدیریت میدانی تحولات، همه نگاه‌ها به سمت آیت‌الله سید مصطفی خمینی بود که نقش یک آغازگر و پس از آن یک استراتژیست تمام عیار مبارزه را ایفا کرد.
در پانزده خرداد و از آنجا که امام در منزل فرزند حضور داشتند، مصطفی زودتر از سایرین از دستگیری امام خمینی آگاه شد. تهدید ماموران به شلیک به سمت سید مصطفی و ممانعت پدر، وی را از اقدام عملی بازداشت. وی بلافاصله با فریاد «مردم! خمینی را بردند» مردم کوچه و خیابان را مطلع ساخت و پس از ساعاتی موج این خبر کشور را فرا گرفت.
مردم گروه گروه جمع شدند و پس از ساعتی حاج آقا مصطفی، پیشاپیش مردم قم به طرف صحن مطهر حرکت کردند. ساعت نُه صبح، صحن مطهر مملو از جمعیت شد. شعارهای مختلفی به گوش می‌رسید. از قبیل «یا مرگ یا خمینی!»، «خمینی بت شکن آزاد باید گردد!»، «ما مرجعمان را می‌خواهیم»... مردم فرزند امام را احاطه کرده بودند تا اینکه، نیروهای نظامی از هوا و زمین در خیابان‌های قم به مردم حمله کردند. حاج آقا مصطفی با سخنانی همراه با شدت ناراحتی و گریه از مردم سپاسگزاری کرد.
آن روز شاید مهمترین روز حیات فرزند امام بود. ایران یکپارچه قیام و خشم بود و ماموران رژیم دستور تیر مستقیم گرفتند و یکی از فجیع‌ترین قتل عام‌های تاریخ معاصر یک رژیم علیه مردم کشور را رقم زده بودند. مصطفای 33 ساله در چنین اوضاعی سکان کشتی تحولات را در آن دریای خونبار بر عهده گرفت. خطابه‌ها و سخنان محکم این عالم ربانی پس از بازداشت امام خمینی حوزه علمیه و مردم را بیش از پیش بیدار کرد و نگذاشت خون شهدای آن روز پایمال شود.
سیدمصطفی به یکباره کانون تمام نگاه‌ها بود و ایشان در بالاترین سطح ممکن مدیریت کلان و استراتژیک تحولات نهضت نوپا را عهده‌دار شد. مردم مبارز دریافتند این آتش ظلم‌برانداز حاج آقا روح‌اللّه است که از درون حاج آقا مصطفی (ره) زبانه می‌کشد، تو گویی که این خود اوست، چنین داد سخن سر می‌دهد»
آیت‌الله مصطفی خمینی همزمان مدیریت تلاش برای آزادی امام، مسئولیت محوری زنده و بیدار نگه داشتن شور نهضت از طریق سخنرانی‌ها و جلسات و اعلامیه‌ها و از سویی ارتباط به روحانیون و مراجع را برعهده گرفت و به احسن وجه سازماندهی و در نبود رهبر اصلی نهضت، هدایت کرد.
در گزارش‌های ساواک در این مقطع مکرراً از نگرانی ساواک از فعالیت‌های سید مصطفی در سطح بالای اداره تحولات می‌خوانیم. جالب آنکه ساواک از تعبیر: « ... پسر آیتاللّه خمینی که مهم می‌باشد، به جای وی نشسته...» استفاده می‌کند. در مرداد همان سال امام به قیطریه منتقل می‌شود و رژیم تحت تاثیر فشارها (و البته احتمالا بخاطر زیر نظر داشتن بیشتر سید مصطفی) به ایشان اجازه ارتباط مستقیم و مداوم با امام را می‌دهد. از آن پس سید مصطفی بیش از پیش در برقراری و تداوم رابطه امام خمینی با مردم و مبارزین، نقش اساسی و مؤثری را ایفا کرد.
وی با تکیه بر هوش، روابط اجتماعی خارق‌العاده و نیز نفوذ علمی خود، توانست به عنوان نخ تسبیحی عمل کند که علما و مراجع مختلف با گرایشات گوناگون را با امام همساز نماید که این دستاورد نیز از ابعاد مغفول مانده در تاریخ‌نگاری معاصر بوده و جای مداقه بسیار دارد. این بعد از دید ساواک نیز پنهان نمانده است: «طبق اطلاع واصله اخیراً پسر آیتاللّه خمینی باافراد متنفذ و مخالف دولت در تماس می‌باشد، چون مشارٌالیه می‌تواند با پدرش ملاقات نماید. از این لحاظ رابط بین پدرش و افراد مخالف دولت است.»
در همان سال امام خمینی در پی سخنرانی اعتراض‌آمیز علیه کاپیتولاسیون دستگیر و بلافاصله به ترکیه تبعید شد، مصطفی خمینی نیز دقیقا همچون پانزده خرداد تلاش کرد مردم را آگاه کرده و سپس به سراغ مراجع و بزرگان حوزه رفت. در گزارش مورخ 1343/8/13 شهربانی آمده است: «چون پس از دستگیری آیت‌ا... خمینی، سید مصطفی فرزند وی به روحانیون مراجعه و مشغول تحریک و صاحبان دکاکین را ترغیب به بستن می‌نمود، لذا نامبرده ساعت 10/15 دقیقه صبح با کمک مامورین ساواک دستگیر و به ساواک قم تحویل داده شد».
محمدرضا پهلوی که طی تطورات سال قبل از آن یکبار ارکان حکومتش را با غرش‌های کوبنده مصطفی لرزان یافته بود و می‌دانست با نبود خمینی، مصطفای او نخواهد گذاشت تحولات در سطح استراتژیک نهضت بی‌سامان بماند، این بار خطای گذشته را تکرار نکرد و با برخورد قهری با ایشان، وی را چند ماه در حبس نگه داشت و نهایتا به ترکیه تبعید کرد.
بنابراین آیت‌الله مصطفی خمینی در مقطع دوم مبارزات خود، به عنوان یک موتور محرک و نیز استراتژیست، تلاش داشت جای خالی امام را پر کرده و به سازماندهی کلان نهضت و مبارزات علیه رژیم بپردازد. خروش خاص و یکصدای مراجع در اعتراض به دستگیری وی، گواه عمق تاثیر ایشان در این بعد است.
3. تبعید در ترکیه
13 دی 1343 آخرین روزی بود که سید مصطفی پای بر خاک وطن گذارد. مقصد اول سفر بی بازگشت او بورسا بود. در ترکیه وی بیش از هرچیز در خدمت پدر بود. امام خمینی «از نظر تغذیه در وضع نامطلوبی قرار داشت. آقا مصطفی توانست تا حدودی این مشکل را رفع کند».
عدم امکان ارتباط مناسب مبارزان با امام و بالعکس زمینه را برای فعالیت سیاسی از سید مصطفی گرفت. امام و او فرصت را برای فعالیت علمی غنیمت دانستند. حاصل این بحث‌های علمی کتاب گرانسنگ تحریرالوسیله امام بود. مصطفی خمینی می‌گوید: « در آن موقع، گاهی سر بحث، قیل و قال ما به حدّی بالا می‌گرفت که ساواکی‌ها می‌آمدند و می‌گفتند: آقا دعوا نکنید، پدر و پسر که با هم دعوا نمی‌کنند. بعد از آنکه بحث ما تمام می‌شد و با هم می‌نشستیم و چای می‌خوردیم، می‌گفتند: این چه دعوایی است که بعد آن با هم می‌نشینند و چای می‌خورند؟ حاج آقا مصطفی(ره) گاهی به آشپز منزل امام(س) در آنجا، که در ضمن ساواکی هم بود، کمک می‌کرد و اگر چیزی بلد نبود، به او یاد می‌دهد. ایشان می‌گفت: او باید هر روز وضعیّت ما را گزارش می‌کرد، ولی به جای اینکه او از من اطلاعات بگیرد، من از او اطلاعات می‌گرفتم»
مطلب فوق گواه آنست که لحظه به لحظه زندگی آن دو بزرگوار تحت‌نظر ماموران ساواک بوده و استبعادی ندارد که نویسنده کتاب راز توفان(یادنامه آیت‌الله مصطفی خمینی) در خصوص این مقطع و از منظر سیاسی می‌نگارد:«دریغا! که از آن روزگار پر رمز و راز نه خاطره‌ای در اختیار داریم و نه سندی».
4. از تبعید به نجف تا شهادت
فراز و فرودهای کم‌نظیر سال‌های 42 و 43 و هدایت نهضتی که به یکباره و با دستگیری پدر بر عهده او گذاشته شده بود، ایشان را به بلوغ و کمال سیاسی رساند. همین امر سنگ بنای مدیریت موفقِ ابعادی ژرف از نهضت اسلامی در زیر سایه امام خمینی، توسط او در نجف شد.
وقتی پدر از آخرین پله هواپیما در بغداد غریب پایین آمد، تنها یار همراهش یک نفر بود؛ سید مصطفی خمینی. این همراهی نه از سر حادثه که نمادی از وحدت وجود پدر و پسر مبارز بود. محمدرضا پهلوی به زعم خود امام را به نجف فرستاد تا از این طریق فعالیت‌های امام خمینی را محدود کند ولی این استراتژی شاه موثر واقع نشد و امام خمینی این بار هم در نجف توانست تحولات را مدیریت کند.
امام پس از استقرار در نجف لحظه‌ای در مبارزه علیه رژیم پهلوی مکث نکردند و سید مصطفی نیز لحظه‌ای از همراهی با امام تردید نکرد. بدین ترتیب مرحله‌ای تازه و گسترده از نهضت اسلامی آغاز شد و فرزند امام به عنوان نزدیکترین شخص به ایشان، دومین شخص در هدایت کلان و در سطح راهبردی نهضت از نجف بود.
