تبصرۀ ماده ۲۳ قانون برنامه ششم توسعه تصریح می‌کند: کلیه وظایف، اختیارات، ساختار و تشکیلات دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با حفظ شخصیت حقوقی مستقل و با رعایت ضوابط و مقررات مربوطه، به وزارت امور اقتصادی و دارائی منتقل و وزیر ذی‌ربط مسئول اجرای قوانین مرتبط با حوزه مناطق آزاد تجاری- صنعتی و ویژه اقتصادی خواهد بود.
در این خصوص «سیدحسن حسینی» عضو هیئت‌رئیسۀ کمیسیون اقتصادی مجلس با اشاره به اجرایی نشدن این ماده از قانون برنامۀ ششم برای انتقال دبیرخانۀ شورای عالی مناطق آزاد به وزارت امور اقتصادی اظهار داشت: «این قانون روال قانونی در مجلس را طی کرده و به تأیید شورای نگهبان هم رسیده است؛ بنابراین دولت دیگر نمی‌تواند با آن مخالفتی داشته باشد.»
عضو هیئت‌رئیسۀ کمیسیون اقتصادی، مخالفت دولت با این مصوبه را یادآور شد و گفت: «در مراحل تصویب قانون برنامه در کمیسیون تلفیق، کمیسیون اقتصادی و در صحن مجلس که نمایندگان دولت حضور داشتند با این امر مخالفت کردند؛ اما علیرغم مخالفت دولت نمایندگان به این تصمیم رسیدند و به الحاق مناطق آزاد به وزارت اقتصاد رأی حداکثری دادند.»
وی به تشریح دلایل نمایندگان برای تصویب این ماده از قانون برنامه ششم پرداخت و با اشاره به اینکه «دبیرخانه مناطق آزاد کشور که در حال حاضر زیر نظر ریاست‌جمهوری است از حیطه نظارت و سؤال نمایندگان خارج است و پاسخگوی نمایندگان نیست» گفت: «درعین‌حال نمایندگان ملت معتقد بودند مجلس شورای اسلامی به‌عنوان ناظر بر مصوبات خود و عملکرد دولت می‌بایست همه‌جانبه‌نگر باشد.»
حسینی افزود: «با توجه به اینکه برابر نظر غالب نمایندگان، مناطق آزاد از اهداف اولیه‌اش که سال ۷۲ در قانون مناطق آزاد آمده، دورافتاده است طبیعتاً مقامی باید پاسخگوی این عملکرد باشد. از طرفی چون سؤال از رئیس‌جمهور و حضور رئیس‌جمهور در مجلس شورای اسلامی دشوار است و ممکن است تبعات خاص خود را داشته باشد، طبیعتاً وزرا باید پاسخگو باشند.»
این عضو هیئت‌رئیسۀ کمیسیون اقتصادی تصریح کرد: «ازاین‌جهت به‌واسطه پاسخگو کردن مسئولان این حوزه به نمایندگان مجلس و لزوم هماهنگی‌هایی که باید بین حوزه اقتصادی، گمرکی و مناطق آزاد به وجود بیاید و به خاطر اینکه بسیاری از مشکلات مناطق آزاد و دور افتادن از اهدافش به‌واسطه تغایر سیاست‌ها بین وزارت اقتصاد، گمرکات، سازمان مالیاتی کشور و بانک مرکزی و دیگر حوزه‌های زیرمجموعه اقتصاد و دارایی با مناطق آزاد بوده است؛ این تصمیم گرفته شد تا مناطق آزاد زیرمجموعه تخصصی اقتصاد قرار بگیرد.»
بر همین اساس از «اکبر ترکان» که ریاست مناطق آزاد را بر عهده داشت سؤال کردیم «در دولت دوازدهم هم با این سمت حضور خواهد داشت یا نه؟» که وی پاسخ داد: «بنده مشاور آقای روحانی هستم و خیلی به این کار افتخار می‌کنم.»
وی در پاسخ به این سؤال که «آیا در مناطق آزاد حضور دارید؟» گفت: «نه من کارم مشاوره آقای روحانی است.»
ازاین‌رو به نظر می‌رسد ترکان دیگر در دولت دوازدهم در مناطق آزاد نخواهد بود و فقط به مشاور روحانی فعالیت خواهد کرد.
