با توجه به اینکه تعداد زیادی از زائران دانشجو خدمت مقدس سربازی را انجام نداده اند و از معافیت تحصیلی استفاده می‌کنند، حتما می‌بایست برای سفر به کشور عراق، مجوز خروج از کشور دریافت کنند.
بر اساس تفاهم نامه‌ای که میان ستاد عمره و عتبات دانشگاهیان و سازمان نظام وظیفه ناجا منعقد شده است، دانشجویان مشمولی که از طریق ستاد به عتبات عالیات اعزام شوند، با ضمانت ستاد و موافقت وظیفه عمومی مجوز صادر می‌شود. صدور مجوز خروج از کشور توسط سازمان نظام وظیفه عمومی ناجا انجام می‌پذیرد.
برای صدور این مجوز کافیست دانشجویان مشمول بعد از انتخاب در قرعه کشی، موارد خواسته شده را آماده و تحویل دفاتر ستاد در استان‌های سراسر کشور دهند بنابراین نیازی به ارائه وثیقه سه میلیونی برای خروج از کشور نخواهند داشت.
در دوره‌های قبل عتبات دانشگاهیان و همچنین اربعین حسینی با همکاری سازمان نظام وظیفه ناجا، مجوز خروج از کشور برای دانشجویان مشمول صادر شد.
