به نظر می‌رسد برانکو ایوانکوویچ در تیم پرسپولیس اختیاراتی کمتر از حد معمول یک سرمربی دارد.
در طول مدت همکاری برانکو با پرسپولیس تحت سرپرستی علی‌اکبر طاهری، بارها صحبت‌های ضد و نقیضی در خصوص جابجایی بازیکنان بدون موافقت او مطرح بوده است.
اخیراً با انتشار خبر فسخ قرارداد ساسان انصاری با پرسپولیس، صحبت‌هایی مطرح است که برانکو با جدایی این بازیکن مخالف بوده است. هرچند این خبر فعلاً تکذیب شده است ولی بعید نیست مثل سایر موارد مشابه در نهایت خلاف نظر سرمربی پرسپولیس اتفاق بیفتد.
برانکو ایوانکوویچ که طبق ادعای خودش سرمربی مقتدر و توصیه ناپذیری است تاکنون چندبار مجبور شده تحت فشارهایی که از اطراف به او وارد می‌شود از موضع خود عقب نشینی کند.
اولین بازیکنی که بر خلاف نظر برانکو و با تشخیص طاهری با پرسپولیس قرارداد بست، محسن مسلمان بود. برانکو به قدری از جذب این بازیکن ناراحت بود که حتی نزدیک به یک نیم فصل او را نیمکت نشین کرد ولی کیفیت فنی این بازیکن در نهایت برانکو را مجاب به استفاده از او کرد.
بازیکن دیگری که به این شکل به پرسپولیس آمد، جلال حسینی بود. حسینی فصل گذشته در دو مقطع ابتدای فصل و نیم فصل تلاش زیادی برای بازگشت به پرسپولیس داشت که مخالفت جدی برانکو مانع از این انتقال شد.
ظاهراً برانکو اعتقادی به بازی حسینی نداشت، ولی مشکلات خط دفاعی پرسپولیس باعث شد در ابتدای فصل شانزدهم، طاهری به فکر تقویت خط دفاعی تیمش بیفتد و جلال حسینی یکی از اولین نفراتی بود که در فصل نقل و انتقالات به پرسپولیس آمد. در این بین نوع پیوستن ربیع‌خواه و بازیکنان اوکراینی به پرسپولیس هم هنوز سوال‌های فراوانی را در ذهن اهالی رسانه ایجاد کرده است.
گزینه بعدی که با وجود مخالفت‌های مکرر برانکو در نهایت در فصل شانزدهم در پرسپولیس توپ می‌زند رامین رضاییان است. برانکو که قصد نداشت به هیچ وجه زیر بار بازگشت رضاییان برود، موضع خود را بارها در رسانه‌ها مطرح کرد تا به این شکل مانع از دخالت طاهری در این مورد شود. ولی فشارها از سوی مدیریت و همچنین هواداران پرسپولیس به قدری بالا بود که سرمربی پرسپولیس در نهایت مجبور شد از موضع خود عقب نشینی کند.
در حال حاضر هم مسئله نبود جای خالی در لیست پرسپولیس مطرح است که برای بازگشت رضاییان باید یک نفر از لیست نفرات این تیم خارج شود. علاوه بر ساسان انصاری که هم خودش به خاطر نیمکت نشینی به دنبال جدایی از پرسپولیس است و هم طاهری به خاطر رفع مشکل جای خالی برای رضاییان از جدایی این بازیکن استقبال می‌کند، نام آنتونی گولچ هم به عنوان یکی از گزینه‌های جدایی از این تیم مطرح است.
با این وجود برانکو بارها گفته است که به تمام بازیکنانش نیاز دارد و با جدایی هر دو بازیکن مخالف است. ولی در هر صورت بعید نیست برای خالی شدن جا برای افاضه شدن رضاییان به زودی یکی از این دو نفر از پرسپولیس جدا شود.
برانکو ایوانکوویچ پیش از این در تیم ملی هم با حضور چند بازیکن از جمله خداداد عزیزی مخالف بود ولی در نهایت زیر فشارها تسلیم شد و این بازیکن را به اردوی تیم ملی دعوت کرد.
