بعد از تغییر موضع ایدئولوژریک سازمان مجاهدین خلق، مسعود رجوی رئیس سازمان جهت بیعت با شهبد بهشتی نزد ایشان آمد و به احتمال قریب به یقین قصد داشت که آیت الله را جایگزین «پدر طالقانی» کند، شهید بهشتی به رجوی گفت که اختلافات ما با شما اختلاف عمیقی است که از اعتقادات ما سرچشمه می‌گیرد.
شما هنوز اصول را نمی‌دانید و یک مبناهایی را به عتوات اسلام شناسی، اقتصاد اسلامی و به عنوان اقتصاد مارکسیستی با هم مخلوط کردید و این را مبنای ایدئولوژیک خود قرار دادید که ما این‌ها را قبول نداریم.
ایدئولوگ‌های سازمان، وقتی از همراه ساختن شهید بهشتی با خویش ناکام ماندند، وی را خطری بالقوه برای خویش نشخیص دادند و مبادرت به اجرای فاجعه هفتم تیر و به شهادت رساندن ایشان کردند.
