به‌نظر می‌آید حضور ژنرال هایزر (معاون فرمانده نیروهای آمریکایی مستقر در اروپا) در کنار قرهباغی و نقش او در ارتقای او تا عضویت در شورای سلطنت، می‌تواند مورد تامل قرار گیرد. هرچند هایزر نیز بعد از پیروزی انقلاب او را خیانتکار دانست اما مقاومت قرهباغی تا روز قبل از بیست‌ودوم بهمن سال ۱۳۵۷ برای حفظ سلطنت، سرکوب مخالفان از سوی او، اختفای بیش از یک‌سال در تهران، فرار و پیوستن به عناصر گریخته از ایران و سرانجام ملاقات با رضا پهلوی و سایر مخالفان انقلاب، احتمالات و چراهای دیگری را درباره او مطرح می‌کند. حتی طول‌کشیدن اختفای او در ایران برای ۱۴ ماه بی‌معنی نیست، چراکه او نیز می‌توانست زودتر از این موعد کشور را ترک کند. شاید حضور او در ایران برای طرح‌های براندازانه آمریکا در ایران ضروری بود.
قرهباغی پس از ورود امام‌خمینی(ره)، بارها حمایت خود از دولت بختیار را اعلام کرد و طی بیانیه‌های مختلف خطاب به فرماندهان، دستورات لازم برای سرکوب انقلابیون را صادر می‌کرد. وی حتی در بیست‌ویکم بهمن ۱۳۵۷ در آخرین اطلاعیه‌اش در سمت ریاست ستاد ارتش، عنوان داشت: «تاسیسات دولتی، کلانتری‌ها، پاسگاه‌ها و تاسیسات نظامی باید به‌طورقاطع در مقابل تک خرابکاران، پدافند و حفاظت شده و متجاوزان شدیدا سرکوب گردند. ضمنا مقررات فرمانداری نظامی را به‌طور کامل در منطقه استحفاظی آن فرمانداری به موقع اجرا گذارند». اما پس از اعلام همبستگی همافران نیروی هوایی با امام‌خمینی و تسلیم اغلب شهرها و عدم کارآیی حکومت نظامی، سران ارتش از ادامه مقاومت مایوس شدند. ازاین‌رو شورایعالی نیروهای مسلح در صبح روز بیست‌ودوم بهمن ۱۳۵۷ در اتاق شورای ستاد بزرگ ارتشتاران تشکیل شد. در این جلسه پس از ارائه گزارش فرماندهان از وضعیت نیروهای خود و اظهارنظر چند تن دیگر، درنهایت مساله بی‌طرفی ارتش به اتفاق آرا تصویب شد. از این‌رو در بیانیه‌ای که برای نخستین‌بار کلمه شاهنشاهی از ارتش حذف شده بود، خاطرنشان شد ارتش از خواست ملت ایران با تمام قدرت پشتیبانی می‌کند. متن اعلامیه ساعت ۲ بعدازظهر از رادیو ایران پخش شد و طی آن از همه یگان‌های نظامی خواسته شده بود به پادگان‌های خود بازگردند.
قرهباغی در خاطرات خود اعلام بی‌طرفی ارتش را یک نتیجه‌گیری منطقی و مناسب‌ترین راه‌حل برای اجرای دستورات شاه و حفظ تمامیت وحدت ارتش و جلوگیری از جنگ‌های داخلی می‌داند. لیکن وی از سوی بختیار و شاه متهم به خیانت در فروپاشی ارتش شد. هایزر نیز او را متهم به خیانت علیه همکارانش می‌کند و می‌نویسد وی به دادگاه‌هایی که همکارانش را محاکمه و محکوم می‌کردند، کمک می‌کرده است. قرهباغی در روز بیست‌وسوم بهمن ۱۳۵۷ هنگام اطلاع از تحت تعقیب قرارگرفتن وی از سوی کمیته انقلاب اسلامی، در منزل یکی از دوستان خود به‌نام مستعار اردشیر مخفی شد. وی در مدت ۱۴ ماه اختفا در تهران، به طور مرتب محل اقامت خود را عوض می‌کرد.
در این مدت جز همسر وی در پاریس، افراد بسیار معدودی از محل اسکان او اطلاع داشتند. سرانجام قرهباغی با همکاری چند تن از دوستانش توانست شناسنامه‌ای به‌نام «احمد کوپاهی، صادره در سال ۱۳۲۰ و متولد تبریز» جعل کرده روادید سفر به خارج از کشور دریافت کند و سپس با تغییر قیافه از طریق فرودگاه مهرآباد عازم پاریس شد. قرهباغی پس از خروج از ایران، بعد از مدتی سکوت در دوازدهم خرداد ۱۳۵۹ طی بیانیه‌ای اعلام کرد در سقوط شاه و تغییر رژیم هیچ‌گونه نقشی نداشته است. با وجود اینکه اغلب مهره‌های رژیم پهلوی پس از خروج از ایران اقدام به فعالیت سیاسی علیه جمهوری اسلامی می‌کردند، قرهباغی تا مدت‌ها ساکت بود و خود را از جریانات سیاسی دور نگه می‌داشت تا اینکه در دوازدهم مهر ۱۳۶۱ طی ملاقاتی با رضا پهلوی در مراکش اعلام کرد حاضر است با هر گروه سیاسی، با هر ایدئولوژی که داشته باشند، ملاقات و گفت‌وگو کند تا بر سر تعیین یک پلتفرم تازه سیاسی به توافق برسند.
او در سال ۱۳۶۳ با نگارش مجموعه خاطرات خود در دوران انقلاب (مرداد ــ بهمن ۵۷) به دفاع از عملکرد خویش در این دوران پرداخت. کتاب مزبور تحت عنوان «اعترافات ژنرال» در ایران منتشر شد. از آن گذشته چند هفته قبل از فوت خود هنگامی‌که در بیمارستانی در پاریس به علت ابتلا به بیماری سرطان بستری بود، طی نوشته‌هایی که برای بخش خاطرات و تاریخ یکی از روزنامه‌های فارسی‌زبان چاپ لندن فرستاد، ماجرای اختفای ۱۴ ماهه خود در تهران و چگونگی فرارش را از کشور برای نخستین‌بار بازگو کرد. کتاب مزبور در سال ۱۳۸۰ به‌نام ماجرای فرار قرهباغی در ایران منتشر شد. قرهباغی سرانجام در مهرماه ۱۳۷۹ در بیمارستانی در پاریس درگذشت.
