بلافاصله پس از عملیات فتح المبین، آماده سازی عملیات بیت المقدس آغاز شد. شهید باقری ضمن تلاش برای هماهنگی واحدهای اطلاعاتی در طرح ریزی عملیات نیز حضور داشت و می‌گفت: لزومی ندارد ما مستقیما وارد شهر خرمشهر شویم، بلکه باید دشمن را دور بزنیم و عقبه او را ببندیم تا شهر خود به خود سقوط کند. با اینکه نظرات دیگری هم برای چگونگی آزادی خرمشهر وجود داشت، اهمیت و تاکید او پس از فتح خرمشهر آشکار شد.
در این عملیات شهید حسن باقری به عنوان فرماندهی قرارگاه نصر، در اجرای عملیات نقش موثری را ایفا کرد. از هدف‌های عمده این قرارگاه، خرمشهر و تامین مرز شلمچه و شرق بصره بود. پس از دو مرحله عملیات موفقیت آمیز، در مرحله سوم عملیات، قرارگاه نصر با محاصره دشمن در ناحیه شلمچه، مزدوران بعثی را مستاصل و مضمحل کرد و شهر خرمشهر نیز آزاد شد.
در ادامه خاطره شهید مدافع حرم حسین همدانی از نحوه فرماندهی شهید حسن باقری در عملیات بیت المقدس را بخوانید:
بعد از عملیات فتح المبین (1361) حسن ما را خواست و گفت:
- 48 ساعت فرصت دارید استراحت کنید یا به مسافرت بروید. بعد از آن، خیلی مخفیانه باید در مقر انرژی اتمی مستقر شوید.
- چه خبر است؟
- قرار است یک عملیات دیگر انجام شود که بزرگ تر از فتح المبین است و اهداف مهم و با ارزشی دارد.
در موعد مقرر به آنجا رفتیم. حسن باقری آمد و به من گفت:
- من هر روز صبح ساعت 9 می‌آم و از تو گزارش می‌خوام.
شهید حسن باقری در کنار آیت الله جمی امام جمعه آبادان
و بعد تاکید کرد:
- همدانی! باید دستت به جاده آسفالت خرمشهر بخورد، هر وقت دستت به جاده خورد، این بخش از ماموریت تمام شده است!
واقعا کار مشکلی بود.
ما امکانات لازم را خواستیم و او تهیه کرد. هر روز صبح هم می‌آمد و وقتی ما از شناسایی برمی‌گشتیم، می‌دیدیم او نشسته و منتظر آمدن ماست. تا می‌رسیدیم، می‌گفت: "خوب! چیکار کردین؟" بعد گزارش ما را می‌گرفت و یادداشت می‌کرد و می‌رفت و دوباره روز بعد می‌آمد.
او برای اهداف عملیات بیت المقدس، هیچ عذر و بهانه‌ای را نمی‌پذیرفت. در یکی از شناسایی‌ها، ما مسافتی حدود 14 کیلومتر را طی کردیم. مارپیچ رفتیم چپ و راست کردیم و از چند تا از مواضع دشمن هم عبور کردیم لذا پای بچه‌ها زخمی شده بود.
وقتی از شناسایی برگشتیم، به او گزارش‌های لازم را دادیم و گفتیم:
- ماشین‌ها شمارش شده، در هر دقیقه، این تعداد ماشین تردد می‌کنند و هر شب ما پانصد متر جلوتر می‌رویم.
- امشب باز دوباره ادامه بدهید.
- پای بچه‌ها زخمی شده و خونابه دارد.
- بچه‌ها را اینجا ردیف کنید.
بعد سوزن آورد و به پای بچه‌ها زد و خونابه‌ها را تخلیه کرد خیلی محکم گفت: "پانسمان کنید شب مجددا به شناسایی بروید." در یکی از شب‌ها، یکی از بچه‌ها دست خود را به جاده زد و حتی آن را بوسید. وقتی این مطلب را به حسن باقری گفتیم، همه ما را بوسید و گفت: "انشالله تصرف جاده آسفالته خرمشهر قطعی است." این حرف را او در حالی می‌زد که هنوز یگان‌ها وارد منطقه نشده بودند و فقط کار شناسایی انجام شده بود و تا عملیات هم فاصله داشتیم.
او می‌گفت: «وعده خداوند قطعی است. خداوند وعده داده که ما پیروزیم و به جاده خرمشهر می‌رسیم.» آنقدر محکم حرف می‌زد که ما فکر می‌کردیم به او الهام شده و از غیب حرف می‌زند.
شب عملیات بیت المقدس، اولین یگان ما که به جاده خرمشهر رسید، پشت بی سیم این مهم را عنوان کردیم.
صبح، هنوز هوا روشن نشده بود که دیدم حسن باقری از راه رسید. پیش من آمد و گفت: «همدانی! بهت گفتم که تصرف جاده خرمشهر قطعی است. خدا مزد زحمات ما را داد.»
