به دنبال حواشی اخیر و با عنایت عدم وجود زمینه‌های تداوم فعالیت دکتر سید مرتضی سقائیان‌نژاد در مجموعه شهرداری قم، استعفای دکتر سقائیان‌نژاد به‌صورت مستقیم به وزارت کشور ارسال شد.
بر همین اساس تصمیم‌گیری در خصوص قبول استعفا و یا تداوم مسئولیت دکتر سقائیان‌نژاد در شهرداری قم، به‌صورت مستقیم توسط وزیر محترم کشور جناب آقای دکتر اسکندر مومنی به‌عنوان مقام صادرکننده احکام مسئولیت شهرداران کلان‌شهرهای کشور اتخاذ خواهد شد.
سید مرتضی سقائیان‌نژاد با ۱۲ سال سابقه مسئولیت در شهرداری اصفهان و ۱۰ سال مسئولیت در شهرداری قم، باسابقه‌ترین فرد به عنوان شهردار کلان‌شهرهای کشور است.
