اختلاف میان سید حسین حسینی ، کاپیتان استقلال، و مدیریت باشگاه از زمانی آغاز شد که یک گلر بوسنیایی به عنوان جانشین حسینی به تیم پیوست. این دروازهبان بدون اینکه بازی زیادی برای استقلال انجام دهد، مبلغ قابل توجهی از باشگاه دریافت کرد و سپس از تیم جدا شد. مصاحبه حسینی درباره این موضوع و انتقاد از این تصمیم باعث شد که او از سوی باشگاه یک جلسه از حضور در تمرین محروم شود.
حامدیفر در واکنش به این اختلافات از حسینی حمایت کرد و گفت: «به سید خیلی ارادت دارم؛ او یکی از دوستان نزدیکم در استقلال است. به نظرم اتفاقی که افتاد، باشگاه میتوانست بهتر رفتار کند، چون در شأن حسینی نیست و او کاپیتان استقلال است. سید همیشه به جوانترها کمک کرده، حتی وقتی پول نگرفتیم. از نظر فنی، سید خیلی آماده است و خواهش میکنم از مدیریت که با چنین بازیکنهایی بهتر رفتار شود.»