محمدرضا ظفرقندی که به عنوان وزیر پیشنهادی بهداشت، درمان و آموزش پزشکی از سوی رئیس جمهور به مجلس معرفی شده بود، توانست از مجلس رأی اعتماد بگیرد.
فعالیت‌های اجرایی وی به این شرح است:
رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران ۱۳۷۶ - ۱۳۸۴
دبیر هیأت امنای دانشگاه علوم پزشکی تهران ۱۳۷۶ - ۱۳۸۴
عضو هیأت امنای مرکز ملی تحقیقات علوم پزشکی کشور ۱۳۷۸
عضو شورای عالی سازمان نظام پزشکی ۱۳۷۹ - ۱۳۸۳
رئیس کل سازمان نظام پزشکی ایران (دو دوره) ۱۳۷۹ - ۱۳۸۳ / ۱۳۹۷ - ۱۴۰۰
عضو شورای عالی بیمه خدمات درمانی ۱۳۷۹
مدیر گروه جراحی دانشگاه علوم پزشکی تهران ۱۳۹۲ - ۱۴۰۱
رئیس مرکز تحقیقات تروما و جراحی سینا ۱۳۹۲ تاکنون
رئیس شورای عالی نظام پزشکی ۱۳۹۶ - ۱۳۹۷
رئیس انجمن جراحی عروق ایران ۱۳۹۸ تاکنون
رئیس انجمن علمی ترومای ایران ۱۳۹۶ - ۱۴۰۰
