رافائل سیلوا هم استقلال را ترک کرد. شاید کسی فکرش را نمی‌کرد که این مدافع باکیفیت برزیلی در لیست خروجی‌ها قرار بگیرد اما در توفانی که آبی‌ها به راه انداخته‌اند و رفت‌وآمدهای پرتعدادی که در این تیم رخ داده، برای سیلوا هم در پازل‌های تاکتیکی جواد نکونام جایی باقی نماند و او بازیکن آزاد اعلام شد.
رافائل سیلوا در نیم‌فصل لیگ بیست‌ویکم -لیگی که با قهرمانی استقلال تمام شد- به جمع آبی‌ها پیوسته بود. زمانی که آنها مرادمند و یزدانی را به‌خاطر مشکل سربازی از دست داده بودند و بلافاصله این مدافع برزیلی را به عنوان یک بازیکن آزاد در نیم‌فصل جذب کردند. او در آن نیم‌فصل ۸بازی برای استقلال انجام داد و نمرات خوبی در کارهای دفاعی گرفت. مدافع استقلالی در جریان قهرمانی آبی‌ها حتی یک پاس گل هم داد و همراه با سایر شاگردان مجیدی جشن قهرمانی گرفت.
فصل بعد زمان بیشتری در اختیار سیلوا قرار گرفت و او در ترکیب تیم ساپینتو ۲۷بازی برای استقلال انجام داد. تیم ساپینتو یک تیم کاملا هجومی بود و بازی کردن در خط دفاعی آن تیم کار بسیار سخت‌تری نسبت به حضور در جمع مدافعان مجیدی و نکونام به شمار می‌رفت. در پایان آن فصل و در حالی که هنوز مدتی از قرارداد سیلوا باقی مانده بود، او به دلیل پرداخت نشدن دستمزد، قراردادش را با استقلال فسخ کرد و از ایران رفت. اما بعد از یک نیم‌فصل دوباره به عنوان بازیکن آزاد برگشت تا در خط دفاعی تیم نکونام قرار بگیرد. در نیم‌فصل دوم لیگ گذشته سیلوا ۱۰بازی در ترکیب استقلال انجام داد، ۸۷۳دقیقه در میدان بود و با نمره خوب ۷.۲۲ در سایت متریکا دومین مدافع برتر آبی‌ها بعد از آرمین سهرابیان شد. او احتمالا قربانی تصمیمات نکونام درباره خط دفاعی استقلال شده که قرار است از دفاع ۳نفره به دفاع ۴نفره برگردد.
