امین قاسمی‌نژاد ابتدای لیگ بیست و یکم با انتقالی پر سر و صدا راهی استقلال شد ولی در این تیم عملکرد خوبی نداشت و پس از یک نیم‌فصل حضور و زدن یک گل از جمع آبی‌پوشان جدا شد.
او در یک گفتگوی تلویزیونی درباره دوران کوتاه حضور در استقلال گفت: آقای مجیدی مصاحبه کرد و گفت امین قاسمی‌نژاد در لیست من نیست اما وقتی با پرسپولیس مذاکره کردم فشار هواداران باعث شد استقلال من را جذب کند، در حالی که من در لیست مجیدی نبودم.
سر من دعوا بود، دو سال به استقلال آمدم و سختی کشیدم اما خوشحالم که به آرزویم که پوشیدن پیراهن استقلال بود رسیدم.
من روزی که خواستم جدا بشم با مجیدی صحبت کردم و خیلی راحت به من گفت نمی‌خواهی به پرسپولیس بروی؟رفتم با آقای قلعه نویی و گل گهر کار کردم. اگر به عقب برگردیم باز هم استقلال را انتخاب می‌کنم.
فرهاد مجیدی گفت من پول رضایتنامه تو را می‌دهم و بعد تو از آپشن قراردادت به من بده و به باشگاه رفتم گفتند در قرارداد چیزی قید نشده است و برو از خودش بگیر.
قاسمی‌نژاد افزود: فرهاد مجیدی می‌گفت مشکل بدنی داری، من مربی بدنساز گرفتم و شش صبح تمرین می کردم و ساعت 12 هم تمرین استقلال بود اما ذهنیت مثبتی روی بازی من نداشت و نتوانستم برای استقلال بازی کنم، مشکلی هم ندارد و به او حق می دهم.
اما نباید با زندگی فوتبالی من بازی می‌شد. اگر من را نمی‌خواستی می گفتی برو، ما مرد هستیم و داریم حرف می‌زنیم، چرا با زندگی من بازی کردی؟ فقط به خاطر علاقه به استقلال و هوادارانش پیراهن استقلال را پوشیدم و اصلا پشیمان نیستم.
فرزاد مجیدی پس از پیوستن من به استقلال مصاحبه کرد و گفت دربی نقل و انتقالات را بردیم، دربی نقل و انتقالات را برای نیمکت بردید؟ ژستد را جذب کردند و پای مهاجم خارجی ماندند، نمی‌دانم چند گل زد.
به من در استقلال بازی نرسید و سعید مهری پس از رفتن مجیدی و با آقای ساپینتو پدیده شد. دوران مجیدی فشار زیادی روی ما بود؛ من، ارسلان مطهری یا آرمان رمضانی وقتی در ترکیب بودیم می‌دانستیم فقط یک نیمه فرصت داریم که گل بزنیم وگرنه تعویض می‌شویم.
