علی فتح‌الله‌زاده اگرچه افتخارات بسیار زیادی را همراه با استقلال به دست آورده اما دو بار هم به شکل تلخی از این تیم رفته است. یک بار که همین چند ماه قبل و پس از ناتوانی باشگاه برای پرداخت مطالبات استراماچونی و حذف از لیگ قهرمانان آسیا بود به طوری که برخی تماشاگران در ورزشگاه علیه او شعار دادند و یک بار هم برکناری‌اش در شهریور ماه سال ۱۳۸۷.
حاجی فتح‌الله‌زاده ۱۵ سال قبل در روز ۳۰ شهریور ماه سال ۸۷ به فاصله ۷۲ ساعت پس از برکناری طی یک مصاحبه اختصاصی با خبرورزشی پیرامون برخی از ابعاد این ماجرا دست به افشاگری زد و گفت: من با یک اسپانسر جدید مذاکرات خیلی خوبی انجام داده و تقریبا به توافق هم رسیده بودم اما آقایان چنین کاری را کردند. برکنارشدنم اتفاق غیرمنتظره‌ای برای خودم نبود و مطمئن بودم که می‌خواهند امیررضا واعظ آشتیانی را بیاورند اما برایم جای سوال دارد که چرا این آقایان چند ماه قبل که خودم استعفا دادم با آن مخالفت کردند!
فتح‌الله‌زاده که پس از پیروزی پرگل استقلال مقابل استقلال اهواز با خبرورزشی گفت‌وگو می‌کرد، در ادامه حرف‌هایش مدعی شد امیر قلعه‌نویی بعد از پایان بازی زنگ زد و گفت این پیروزی متعلق به او (فتح‌الله‌زاده) است. مدیرعامل معزول استقلال در سال ۸۷ ادعای جالبی را نیز در بخش دیگری از مصاحبه با خبرورزشی مطرح کرد و مدعی شد تیم بسیار خوبی برای لیگ هشتم حرفه‌ای و لیگ قهرمانان آسیا بسته و عده‌ای چون می‌دانستند این تیم توانایی قهرمانی در آسیا را هم دارد او را برکنار کردند.
حاجی در پایان این مصاحبه عنوان کرد که چند روز بعد در یک کنفرانس مطبوعاتی به همه سوالات و ابهامات پاسخ خواهد داد.
استقلال در لیگ هشتم حرفه‌ای در ابتدای فصل اصلا نتایج خوبی نگرفت و حتی برای یک هفته به رتبه‌های بسیار پایین جدول هم رسید اما در نهایت عنوان قهرمانی این مسابقات را به دست آورد. البته همان‌طور که توضیح دادیم وقتی استقلال قهرمان شد، فتح‌الله‌زاده دیگر مدیرعامل نبود و امیررضا واعظ آشتیانی این سمت را بر عهده داشت.
