وقتی جواد نکونام به عنوان سرمربی استقلال انتخاب شد خیلی‌ها تصور می‌کردند مهدی هاشمی نسب که در تمام این سال‌ها دستیار اول او بود به عنوان مربی کنار دستش قرار می‌گیرد و روی نیمکت استقلال هم خواهد نشست اما برخلاف انتظار چنین اتفاقی رخ نداد و بنابر دلایل متعدد هاشمی نسب با جواد نکونام به استقلال برنگشت. حالا اما شرایط تا حدی عوض شده است و احتمال دارد هاشمی نسب به استقلال بازگردد.
مهدی هاشمی نسب در لباس پرسپولیس ۴ بار موفق به گشودن دروازه استقلال شد اما تابستان سال ۱۳۷۹ طی انتقال فوق العاده جنجالی از جمع سرخ پوشان به استقلال پیوست و دی ماه همان سال توانست در دربی با پیراهن آبی گلزنی کند.
