قهوه جزء نوشیدنی‌های پرطرفدار است و معمولا به‌دلیل تاثیر در بهبود تمرکز و افزایش نشاط شهرت دارد. اما نتایج مطالعات حاکی از آن است که این نوشیدنی روند هضم غذا را تحریک می‌کند، عملکرد فلور روده‌ای را بهبود می‌بخشد و نقش پیشگیرانه در برابر بیماری‌‌های کبد مانند سرطان دارد.
براساس پژوهش‌‌ها، قهوه تاثیر بیشتری نسبت به غلات در تحریک حرکات کولون دارد و در نتیجه هضم غذا تسهیل می‌شود و احتمال یبوست مزمن کاهش پیدا می کند. این تاثیر قهوه بر کولون ۶۰ درصد بیشتر از نوشیدن یک لیوان آب است. نوشیدن قهوه موجب افزایش بیفیدوباکتر در فلور روده‌ای می‌شود که نقش بسیار مهمی در عملکرد معده، روده کوچک و روده بزرگ دارد.
علاوه بر تحریک سیستم گوارشی، قهوه تاثیر محافظ در برابر ابتلا به سنگ صفرا نیز دارد. قهوه به‌طور خاص موجب تحریک تولید هورمونی به‌نام کوله‌سیستوکینین می‌شود که مقدار صفرا همچنین ترکیبات شیره گوارشی را افزایش میدهد تا تجزیه مواد غذایی در معده سریع‌تر اتفاق بیفتد. برخلاف بعضی فرضیه‌ها مبنی بر بروز مشکلات گوارشی ناشی از مصرف قهوه، این نوشیدنی به بهبود گوارش کمک می‌کند؛ البته در صورتی‌که به مقدار متعادل مصرف شود.
