مانوئل ژوزه که در دوران مدیریت محمد رویانیان با عقد قراردادی عجیب هدایت سرخپوشان را برعهده گرفت و البته بعد از نتایج ضعیف از سوی مدیرعامل وقت اختیاراتش کاسته شد و هدایت تیم اصلی برعهده یحیی گل محمدی گذاشته شد. نکته عجیب در مورد او اما به نوع قراردادش مربوط می شود؛ جاییکه با توجه به قوانین سختگیرانه سازمان لیگ در آن زمان و سقف قرارداد، مسوولان پرسپولیس مجبور شدند، دو قرارداد با این مربی به امضا برساند و در قرارداد اول با رعایت سقف قرارداد اکنون آنها مدعی هستند او تمام مطالبات خود را دریافت کرده و در قرارداد دوم که زیر میزی نیز محسوب می‌شد و در تیم کهکشانی رویانیان کم نبود، مبلغی ماورایی برای او در نظر گرفته بودند که مانوئل نیز هم اکنون بر اساس این قرارداد خواهان مطالبات خود شده و اکنون به انضمام جرایم بدهی 6میلیاردی روی دست مسوولان پرسپولیس گذاشته است.
محمد رویانیان اما همچنان معتقد است که بدهی پرسپولیس به مربی پرتغالی می توانست با کمتر از این مبلغ برطرف شود. او مدیریت خود در این مساله را بی تقصیر می داند: من این مسئله را انکار نمی‌کنم که ژوزه در زمان ما آمد و در زمان ما رفت اما باید بگویم بدهی پرسپولیس به ژوزه در زمان رفتنش فقط 300 هزار یورو بود و ما حتی مذاکراتی انجام دادیم تا این مسئله مسالمت‌آمیز تمام شود و حتی امیر عابدینی هم شاهد این ماجراست. با این همه متأسفانه یکسری او را شارژ کردند تا کوتاه نیاید. ژوزه شبانه و بدون تفاهم با ما ایران را ترک کرد تا تیم دچار مشکل شود. حالا حرف من این است که چه اتفاقی افتاده که 300 هزار یورو به این مبلغ رسیده است؟ متأسفانه مدیران بعد از ما فقط می‌خواستند ما را محکوم کنند به جای اینکه بیایند و ژوزه را محکوم کنند. بعد هم که یک مدت این پرونده به حال خود رها شد تا این رقم کلان به وجود بیاید البته ژوزه 700 هزار یورو قبل از آن گرفته بود و ما باید 300 هزار یورو به او می‌دادیم و حتی مذاکراتی کردیم تا 150 هزار یورو به او بدهیم و همه چیز تمام شود.
مدیربرنامه مربی پرتغالی اما در سمت مقابل حرف های جالب تری به زبان می آورد و در ابتدا درباره دو قرارداد مجزا با مبالغ مختلف با مدیران پرسپولیس می گوید: مانوئل پس از حضورش در ایران قراردادی به مبلغ یک میلیون و هشتصد هزار یورو با باشگاه پرسپولیس امضا کرد و در واقع این قرارداد اصلی او با این باشگاه است، اما اینکه قرارداد‌های دیگری به فدراسیون ارسال شد، من در جریان آن نیستم و پس از دریافت 720 هزار یورو کارش را در پرسپولیس شروع کرده بود.
مدیربرنامه مانوئل درباره این ادعای رویانیان که او شبانه ایران را ترک کرده نیز گفت: فیلم اقداماتی که علیه مانوئل انجام دادند وجود دارد. متاسفانه مقابل هتل این مربی آدم فرستادند و به تمرینات تیم هم راهش ندادند تا بلکه او خودش برود. نتیجه این کار‌های غیرحرفه‌ای این بود که او راهی کشورش شد و با استخدام چند وکیل رسما از باشگاه پرسپولیس شکایت کرد.
اما این پایان مشکلات پرسپولیس نیست و مدیربرنامه های مانوئل ادعا می کند دستیاران این مربی نیز شکایت های جداگانه ای را اقدام کرده اند و پرسپولیس مجبور به پرداخت آنها نیز می باشد:
دستیاران این مربی هم که تعدادشان کم نبود، از باشگاه پرسپولیس شکایت کرده‌اند و به‌زودی فیفا در مورد پرونده آنها نیز رأی نهایی خود را صادر خواهد کرد.
علی‌اکبر طاهری مدیرعامل پرسپولیس دقایقی پیش در یک گفت‌وگوی رادیویی خطاب به هواداران این تیم گفت که برای حل مشکل ژوزه دعا کنند! که البته ظاهرا راهی جز این هم نیست چراکه قرارداد این مربی پرتغالی با قرمزپوشان سفت و محکم بسته شده و راهی برای فرار از عدم پرداخت مطالباتی که حالا به 6 میلیارد تومان بالغ شده وجود ندارد. شاید تنها راه پرسپولیس مصالحه و توافق با شخص ژوزه باشد که این مساله هم با توجه به اتفاقات فی‌مابین و به طول انجامیدن پرونده حقوقی به سختی می‌شود تصور کرد که مانوئل با مدیران پرسپولیس کنار بیاید.
با این بدهی سنگین و بی‌سابقه که شاهکار مدیران پیشین پرسپولیس است، آنها باید حداقل یک پنجم درآمد امسال خود را هزینه مربی‌ای کنند که جز شکست چیزی برای پرسپولیس باقی نگذاشت.
