کاپیتان سابق پرسپولیس و تیم ملی که از همان ابتدای حضور در تیم ملی جوانان تبدیل به یک مهره بی جانشین در فوتبال ایران شد، دوران ملی خود را از دفاع چپ آغاز کرد و سپس در پست دفاع وسط به میدان رفت اما با توجه به خصوصیات تهاجمی شماره 6 پوشید و البته در اواخر دوران فوتبالش در پرسپولیس تبدیل به یک هافبک تهاجمی شد.
باقری در زمانی پیراهن تیم ملی را از تن درآورد که یک جوان تازه رسیده به نام جواد نکونام در فوتبال ایران چهره می شد. نکونام که از نفت به پاس رفته بود به عنوان یکی از بازیکنان جوان تر و ذخیره به جمع ملی پوشان اضافه شد و به سرعت سهم خود را از فوتبال ملی گرفت.
نکونام یک هافبک دفاعی مدرن تر نسبت به کریم باقری بود و با وجود آنکه تکنیک آقاکریم را نداشت اما در انتقال توپ سریع تر عمل می کرد و البته در حملات نیز نقش کاملا موثری داشت. اولین بازی ملی بزرگ او به مسابقات مقدماتی جام جهانی 2002 برمی گردد که او جای حامد کاویانپور را در ترکیب فیکس تیم ملی گرفت. اما او در زمانی تبدیل به مهره ثابت تیم ملی شد که برانکو به جای میروسلاو بلاژویچ هدایت تیم ملی را در اختیار گرفت و به جوان هایی مثل او میدان داد.
نکو حالا 151 بازی ملی، دو صعود به جام جهانی، دو قهرمانی لیگ با پاس و استقلال و حضور در لالیگا را در کارنامه دارد. او که فوتبالش را در تیم العربی قطر تمام کرده جای خود را به جوان ترهایی خواهد داد که در فوتبال ایران و اروپا به بازی مشغول اند. جوان هایی مثل سعید عزت اللهی، امید ابراهیمی، کمال کامیابی نیا، احمد نوراللهی و البته علی کریمی. اینکه کدامیک از این ستاره های جوان جای آقا جواد را می گیرند، سوال مهمی است اما به نظر پست 6 تیم ملی به سعید عزت اللهی بازیکن تیم روستوف روسیه خواهد رسید که در دیدارهای ملی با صلابت و با اعتماد به نفس ظاهر شده است.
او و بقیه جوان ها شانس خوبی را در غیاب کاپیتان سابق تیم ملی پیدا کرده اند تا بخشی از یک تیم بزرگ و تاریخ ساز باشند که هدفش صعود به مرحله دوم جام جهانی در روسیه خواهد بود. تیمی که البته جواد نکونام را به عنوان مربی در کنار خود خواهد داشت.
