مصطفی کارخانه که به تازگی به عضویت هیات مدیره استقلال در آمده است با حواشی زیادی همین ابتدای کار مواجه شد. طبق مصاحبه ای که او چند سال قبل در برنامه سلام صبح بخیر انجام داد عنوان کرده بود پرسپولیسی است، اما بعد از این شایعه کارخانه قویا پرسپولیسی بودنش را تکذیب کرد!
مصطفی کارخانه در آخرین مصاحبه‌اش درباره حضور در هیئت مدیره استقلال گفت: «از هواداران استقلال می‌خواهم دعا کنند که هم من و هم سایر مدیران باشگاه استقلال موفق شویم. همه تلاش ما شادی آنهاست و در این مسیر از هیچ کوششی دریغ نمی‌کنیم.»
درباره کارخانه گفته می‌شود که هوادار پرسپولیس است. او این موضوع را تکذیب کرده: «من هیچ وقت پرسپولیسی نبودم. سال‌ها پیش گفتم که هم طرفدار پرسپولیس و هم طرفدار استقلال هستم. اتفاقاً دوستان من مثل علی جباری، غلامرضا فتح‌آبادی و حتی پدر فرهاد و فرزاد مجیدی همگی استقلالی هستند.»
عضو هیأت مدیره باشگاه استقلال بابت حضورش در هیأت مدیره این گونه از خود دفاع کرد: «من فرد بی‌تجربه‌ای نیستم و سال‌ها به عنوان عضو هیأت مدیره در باشگاه‌هایی همچون صباباتری فعالیت کرده‌ام و در هیأت رئیسه فدراسیون والیبال نیز حضور داشتم. اتفاقاً قبل از اینکه والیبالیست شوم بازیکن فوتبال بوده‌ام و حتی در تیم فوتبال منتخب نیروهای مسلح بازی کرده‌ام. الان هم عاشق استقلال هستم و برای موفقیت این تیم همه تلاشم را به کار خواهم گرفت.»
