ماجرای نماز باران آیت الله خوانساری از این قرار بود که در جریان اشغال ایران توسط متفقین موجی از قحطی و نابسامانی در کشور به راه افتاد. قسمتی از سپاه متفقین به ویژه آمریکایی ها در منطقه خاکفرج قم اسقرار یافته و بعد از مدتی کنترل شهر در دست آنان قرار گرفت. اشغال هنوز ادامه داشت که زمین‌های مساعد و وسیع شهر قم با گذشت دو ماه بهاری از سال 1323 هنوز تشنه بودند. با بروز این خشکسالی موقعیت غذایی مردم بحرانی شد.
اهالی قم چاره را در خواندن نماز باران دیدند. لذا راهی خانه های آقایان صدر، حجت و خوانساری شدند. آقایان صدر و حجت در پاسخ مردم گفتند اگر شما وظیفه شرعی خود را به جا آورید آسمان و زمین دستهایشان را بر شما خواهند گشود. اما آقای خوانساری نتوانست جواب نه بگوید و مردم هم گمان بردند او موافق با خواندن نماز باران است. به همین علت اطلاعیه هایی در سطح شهر نصب گردید که آقای خوانساری در روز جمعه نماز استسقا خواهد خواند. گروهی ایشان را از پایان بد کار بیم دادند. اما او گفت حالا که چنین شده، خواندن این نماز بر من تکلیفی است و هر چه صلاح باشد همان واقع خواهد شد. با نزدیک شدن لحظه موعود بهائیان شهر، متفقین را به انگیزه های این حرکت بدبین نمودند تا جایی که این نیروها در پوششی دفاعی رفتند.
با فرا رسیدن روز برپایی نماز جمعیت از اقصی نقاط قم به سوی صحرای خاکفرج که در نیم کیلومتری شهر قرار داشت و مصلای آن محسوب می شد روانه شدند. آیات الله هم با آرامش خاصی نماز را برپا نمودند. جمعیت افزون بر بیست هزار نفر بو و اکثر ساکنان شهر را در بر می گرفت.
به هر حال نماز باران تمام شد و مردم به خانه های خود برگشتند. اما باران نیامد. روز بعد آیت الله خوانساری بعد از پایان درس از شاگردان خود خواست که تا همپای او نماز دیگری بخوانند. این نماز در باغ‌های پشت قبرستان نو به پا گشت.
در این روز بهایی‌ها و توده‌ای‌ها اعتقادات مردم را به سخره گرفته و با طعنه به مردم می گفتند: «چرا امروز چترهایتان را نیاوردید؟» ... .
تا آنکه شب سوم در مدرسه فیضیه روضه ای به مناسبت ایام فاطمیه برگزار شده بود و مرحوم اشرافی به منبر رفته بود و تازه شروع به خواندن خطبه کردند که باران شدید و بی سابقه ای باریدن گرفت و همه فهمیدند که این باران اثر آن نمازی بود که آیت الله خوانساری در آن روز خواندند.
نکته جالب آنکه فرمانده آمریکایی به آیت الله پیغام داده بود: «شما که آنقدر پیش خدا محبوبید و دعایتان مستجاب می شود بیائید و دعا کنید جنگ زودتر تمام شود و شما و ما زودتر راحت شویم و ما به کشورمان بازگردیم»
