پس از برگزاری آتش بس بین دو کشور، سازمان ملل پیشنهاد کرد که ایران و عراق رو به روی هم بنشینند و مذاکره کنند. در چنین شرایطی عراق اصرار به مذاکره مستقیم داشت؛ ولی ایران حاضر به مذاکره مستقیم و دوجانبه نبود.
با گذشت پنج روز از برقراری آتش بس، اولین دور مذاکره ایران و عراق در ژنو، روز پنج‌شنبه (سوم شهریور ۱۳۶۷) به منظور اجرای قطعنامه ۵۹۸ با حضور نمایندگان سازمان ملل آغاز شد.
«خاویر پرز دکوئیار» دبیرکل سازمان ملل با پنج تن از دستیارانش و وزرای خارجه ایران و عراق به همراه دستیاران خود در پشت یک میز مثلثی شکل نشستند و هیئت‌های ایرانی و عراقی بدون اظهار سلام به یکدیگر، مذاکره خود را آغاز کردند.
در این مذاکرات که ۶ ساعت به طول انجامید، هریک از طرف‌های ایرانی و عراقی به هیئت سازمان ملل نگاه می‌کردند و حرف خود را می‌زدند. به دلیل اصرار عراق برای امتیاز گرفتن در مورد اروند و نیز نجات خود از کمیته تعیین متجاوز، این دور از مذاکرات ثمری نداشت؛ ولی از آن مقطع زمانی تابوی عدم مذاکره ایران و عراق شکسته شد و طرفین به تدریج با هم رو به رو شدند و مذاکره کردند.
بخشی از این مذاکره به نشست رودرروی نمایندگان ایران و عراق اختصاص یافت، زیرا این موضوع شرط عراق برای مذاکره بود. در ادامه مذاکرات، عراق بر لای‌روبی سریع اروندرود و آزادی کشتیرانی در خلیج فارس تکیه می‌کرد. ایران هم معتقد بود؛ عقب نشینی نیرو‌های عراقی از خاک ایران که طبق بند اول قطعنامه ۵۹۸ بلافاصله پس از برقراری آتش بس باید اجرا می‌شد، برلای‌روبی اروند تقدم دارد.
نوع برخورد عراق با مذاکرات، حاکی از عدم علاقه آن کشور به اجرای همه بند‌های قطعنامه ۵۹۸ بود. در نهایت این مذاکرات پس از دو هفته و با ادعای صدام مبنی بر حاکمیت بر اروند و بی‌اعتباری معاهده الجزایر به بن بست رسید.
دور بعدی مذاکرات ایران و عراق روز یکشنبه (۱۰ مهر ۱۳۶۷) در نیویورک در سازمان ملل انجام شد که پس از چند ساعت به دلیل عدم پیشرفت، به چند روز بعد موکول شد. این مذاکرات در هفته سوم آبان ۱۳۶۷ در ژنو ادامه یافت. نگرانی عراق از بند‌های چهار و شش قطعنامه ۵۹۸ (تعیین کمیته بررسی آغازگر جنگ و پرداخت غرامت) بود.
نامه رئیس جمهور عراق و آغاز مذاکرات مستقیم
تا اوایل سال ۱۳۶۹ مذاکراتی که در نیویورک و ژنو انجام می‌شد، حالات دوی ماراتن را داشت، زیرا عراق در تلاش بود تا در جریان مذاکرات، به اهدافی که در جنگ دست نیافته بود، برسد؛ بنا بر این در این مذاکرات، نمایندگان دولت عراق، تمام ادعا‌های گذشته خود علیه ایران را مطرح می‌کردند.
مذاکرات بین ایران و عراق در مدت یک سال و نیم، پیشرفت چندانی نداشت و فراز و فرود روابط دو کشور همچنان ادامه یافت. پس از این مدت و از آنجا که صدام تصمیم گرفته بود به کویت لشکرکشی کند، روز اول اردیبهشت ۱۳۶۹ برابر با ۲۶ رمضان ۱۴۱۰، رئیس جمهور عراق نامه‌ای به رهبری و رئیس جمهور ایران نوشت. صدام در این نامه پیشنهاد کرده بود ملاقاتی برای مصالحه میان سران دو کشور ایران و عراق در شهر مکه انجام شود.
برای بررسی این موضوع، عصر روز پنج‌شنبه (۶ اردیبهشت ۱۳۶۹) جلسه شورای عالی امنیت ملی در حضور رهبری تشکیل و تصمیم گرفته شد جواب نامه داده شود و در ابتدا، ایران مذاکره در سطح پایین را بپذیرد.
آقای هاشمی (رئیس‌جمهور) در پاسخ به نامه، ضمن استقبال از هر گونه ابتکار و پیشنهادی که دو کشور را به صلح جامع برساند، به رئیس جمهور عراق گوشزد کرد؛ ادامه اشغال بخشی از سرزمین ایران، حرکت ما را در تحصیل صلح جامع، کند یا بی‌ثمر می‌کند.
ایران تصمیم گرفته بود، مذاکرات در ژنو انجام شود و نمایندگان ایران و عراق در مقر اروپایی سازمان ملل باهم گفتگو کنند و محور صحبت‌های جمهوری اسلامی، اجرای قطعنامه ۵۹۸ باشد.
پس از جواب ایران، رئیس جمهور عراق طی نامه دیگری در ۲۹ اردیبهشت ۱۳۶۹، با پیشنهاد ایران مبنی بر مذاکره بدون واسطه سفیران دو کشور در ژنو موافقت کرد و برادرش برزان تکریتی را به عنوان نماینده خود معرفی کرد تا زمینه را برای ملاقات سران دو کشور فراهم کند. همچنین صدام در این نامه اصرار کرده بود؛ ملاقات باید بین رهبری و رئیس‌جمهور ایران از یک سو و او و جانشینش از سوی دیگر باشد.
در مذاکرات ژنو که هر بار حدود هفت ساعت طول کشید، دولت عراق به دنبال آن بود که بفهمد اگر عهدنامه ۱۹۷۵ را بپذیرد، چه تحولی در دیدگاه‌ها و روابط دو کشور پدید می‌آید؟ آیا روابط دوستانه با عراق آغاز می‌شود یا نه؟ در آن زمان برای ایران مشخص نبود که عراق به دنبال حمله به کویت است و می‌خواهد پس از حمله به این کشور مطمئن شود که از سوی ایران موردحمله نظامی قرار نمی‌گیرد.
پذیرش قرارداد ۱۹۷۵ از سوی عراق و پیروزی ایران
پس از حدود سه ماه و نیم مکاتبه میان رؤسای جمهور عراق و ایران، سرانجام رئیس جمهور عراق که در جریان حمله به کویت تحت فشار بین‌المللی قرارگرفته بود، به خواسته‌های ایران تن داد و در پاسخ به نامه رئیس‌جمهور ایران در ۲۳ مرداد ۱۳۶۹، طی ششمین و آخرین نامه خود، شرایط ایران را برای تحقق صلح پذیرفت و نوشت:
با پیشنهاد شما مندرج در نامه جوابیه هشتم اوت ۱۹۹۰ که توسط آقای برزان ابراهیم تکریتی نماینده ما در ژنو، از نماینده شما آقای سیروس ناصری دریافت شد و ناظر به لزوم مبنا قرار دادن عهدنامه ۱۹۷۵ است، ضمن مرتبط دانستن آن با اصول مندرج در نامه ۳۰ ژوئیه ۱۹۹۰ ما به ویژه در مورد مبادله اسرا و بند‌های شش و هشت قطعنامه شورای امنیت، موافقت می‌شود بر اساس بند یک این نامه و مندرجات نامه ۳۰ ژوئیه ۱۹۹۰، ما آماده‌ایم هیئتی را به تهران اعزام کنیم یا هیئتی از سوی شما به بغداد سفر کند تا ضمن تهیه موافقت‌نامه‌های مربوطه، موجبات امضای آن را در سطحی که مورد توافق قرار می‌گیرد، فراهم نمایند.
با این تصمیم ما، دیگر همه چیز روشن‌شده است و به این ترتیب همه آنچه را که می‌خواستید و بر آن تکیه می‌کردید، تحقق می‌یابد و دیگر اقدامی جز مبادله اسناد باقی نمی‌ماند.
پذیرش خواسته ایران از سوی صدام با استقبال کشور‌های عرب خلیج فارس و ترکیه مواجه نشد و آنها از همکاری ایران با عراق نگران شدند؛ ولی جمهوری اسلامی به آنها اطمینان داد برای خروج نیرو‌های نظامی عراق از کویت پافشاری کند.
عقب‌نشینی عراق از اراضی اشغالی و آزادی اسرا
با پذیرش دوباره قرارداد ۱۹۷۵ از سوی صدام، عراق پذیرفت به نشانه حسن نیت، عقب‌نشینی از اراضی اشغالی ایران را از روز جمعه ۲۶ مرداد ۱۳۶۹ برابر ۱۷ اوت ۱۹۹۰ آغاز کند. عراق جز یک نیروی نمادین در کنار مأموران مرزبانی و انتظامی که برای مأموریت‌های روزمره در شرایط عادی باقی می‌ماند، نیرو‌های خود را از مناطق ایران در طول مرز فراخواند.
همچنین قبول کرد از همین رو مبادله فوری و همه‌جانبه اسرای جنگ را به هر تعدادی که در عراق و ایران در اسارت به سر می‌برند، از طریق مرز‌های زمینی و از راه خانقین-قصر شیرین و راه‌های دیگر که مورد توافق قرار می‌گیرد، آغاز کند.
با این توافق ارتش عراق ظرف پنج روز یعنی تا ۳۰ مرداد ۱۳۶۹ به مرز‌های شناخته‌شده بین‌المللی بر اساس عهدنامه ۱۹۷۵ تحت نظارت گروه ناظر نظامی سازمان ملل متحد عقب‌نشینی کرد.
صدام در ۲۶ شهریور ۱۳۵۹ در مجلس ملی عراق، قرارداد ۱۹۷۵ الجزایر را به صورت یک جانبه لغو و آن را در مقابل دوربین تلویزیون پاره کرد. عراق نقشه خود را عملی و در ساعت ۱۳:۴۵ روز ۳۱ شهریور، تجاوز هوایی و زمینی خود را آغاز کرد و ۱۰ مرکز مهم نظامی ایران را توسط جنگند‌های بمب افکن خود بمباران کرد. همزما ن با حمله هوایی، با ۱۲ لشکر زرهی و مکانیزه نیز از راه زمین به ایران حمله‌ور شد.
