امیر باقری به سمت معاون بانک، بیمه و شرکتهای دولتی وزارت اقتصاد منصوب شد. پیش از این و از زمان روی کار آمدن دولت دوازدهم و انتخاب کرباسیان به عنوان وزیر اقتصاد ندیمی بوشهری به عنوان معاون بانک و بیمه این وزارت خانه فعالیت میکرد.
امیر باقری پیش از این به عنوان رئیس دفتر اقتصاد کلان سازمان برنامه و بودجه کشور فعالیت میکرده است.